基于Powerplex 21检测系统对福建汉族群体遗传多态性分析及无关个体基因型比对的研究

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目的:研究Powerplex21荧光复合扩增体系(PP21检测系统)的20个常染色体STR基因座在福建地区汉族群体的遗传多态性,评估其法医学应用价值;建立常染色体STR数据库,并对该数据库中两个无关个体基因型进行比对分析,了解在具有15个STR基因座和20个STR基因座的检测系统中两个无关个体的STR基因座均符合孟德尔遗传定律的概率,为法医物证二联体亲权鉴定的规范化和保证亲权鉴定结果的准确性和科学性提供思路与依据。方法:(1)随机选取福建汉族无关个体850名为研究对象,采用Powerplex21荧光复合扩增体系,以PCR复合扩增和毛细管电泳技术对D1S1656等20个常染色体STR基因座进行基因分型。应用Modified-powerstates软件进行Hardy-Weinberg平衡检验,计算各STR基因座等位基因频率、杂合度(H),个人识别力(DP)、多态性信息含量(PIC)、非父排除率(PE)、匹配概率(PM)等法医学参数。(2)基于DNA盲比技术的亲权鉴定家系检索比对软件,将13576个日常检案的无关个体检材信息和常染色体STR基因座分型结果录入该软件,建立包含Identifiler(ID)、Sinofiler(SINO)、Powerplex16(PP16)、 PP21检测系统的常染色体STR数据库。(3)从上述数据库中随机选取721位基于PP21检测系统进行常染色体STR基因座分型的个体,运用DNA盲比技术的亲权鉴定家系检索比对软件,以自动比对方式进行无关个体基因型比对。统计数据库中分别与721位个体在15个和20个STR基因座均符合孟德尔遗传定律的无关个体的比中概率。计算其中78例假定二联体的累计父权指数(combined paternity index,CPI)值与累计父权相对机会(relative chance ofpaternity,RCP)值。(4)对15个STR基因座均符合孟德尔遗传定律的假定二联体增加检测PP21检测系统;仍不能排除的二联体及在PP21检测系统的20个STR基因座均符合孟德尔遗传定律的假定二联体,进一步增加检测Investigator HD plex和Investigator Argus X-12检测系统。结果:(1)PP21检测系统的20个常染色体STR基因座在福建汉族群体中发现257种等位基因,分布均符合Hardy-Weinberg平衡(p>O.05),等位基因频率介于0.0006~0.5671。等位基因平均杂合度为0.797,多态性信息含(PIC)均大于0.5,属于高度多态性信息含量。除CSF1PO(0.893)、TPOX(0.772)、TH01(0.828)、D3S1358(0.873)外的个体识别能力均大于0.9,杂合度(H)除TPOX(0.594)、TH01(0.662)外均大于0.7。(2)PP21检测系统在福建汉族群体中共发现24个稀有等位基因(off-ladder,OL),出现次数为1~13次,出现频率0.0006~0.0076,其中13个OL基因为国内首次报道。(3)构建了具有13576条无关个体的常染色体STR基因座分型结果的常染色体STR数据库。在随机选取的721位个体中,有387位比中与之具有15个基因座均符合孟德尔遗传定律的无关个体,其中4位比中与之具有20个STR基因座均符合孟德尔遗传定律的无关个体,比中概率分别为2.85%和0.57%。(4)在上述比中的STR基因座分型结果中,随机选取78例无关假定二联体,计算CPI与RCP数值,CPI值最低为7.67(RCP>88.46%),最高258602.95(RCP>99.99%),仍有10例假定二联体无法排除亲缘关系。对其进一步分别以PP21、Investigator HDplex和Investigator Argus X-12检测系统追加检测STR基因座后,每例均有3~15个STR基因座不符合孟德尔遗传定律,均排除了亲缘关系。结论:(1)PP21检测系统的20个常染色体STR基因座在福建汉族人群中基因分布符合Hardy-Weinberg平衡,提供的多态信息量大,具有较高的非父排除率和个体识别能力,具有较高法医学应用价值。(2)建立常染色体STR数据库,最好采用含有20个STR基因座检测系统,不排除在检测系统里加进少数几个中国人群识别能力强的性染色体STR基因座。(3)在常染色体STR数据库中,两个无关个体之间15个STR基因座均符合孟德尔遗传定律的概率较高,单纯以遗传学证据CPI和RCP数值进行判定,容易出现误判。因此进行亲权鉴定至少应采用20个常染色体STR基因座检测系统,尤其对于二联体案例。特殊情况下还应加做性染色体STR基因座的检测系统或其它检测技术,以保证亲权鉴定结果的准确性和科学性。
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