金融创新是一个动态的过程，而传统的新古典经济学通常是以静态均衡分析方法对金融创新的原因，效应，结果进行研究。然而对金融创新的自适应性，创新过程中的环境选择等问题无法进行合理的阐述，同样也不能在研究中有效的解释创新演化过程的内在机理，真实反映金融创新主体之间的相互作用，以及主体与环境的互动关系。对金融创新的实践缺乏指导意义。因此，对金融创新的研究必须从发展和变化的视角，将金融创新看做一个不断演化的复杂系统，用系统演化的理论来对其发展规律做出诠释。而自组织理论作为研究复杂系统的有利分析工具，将它运用到对金融创新演化过程内在机理的研究领域不失为一种有效的思路。据此，本文分别从系统自组织演化的条件、道路及动力等方面分析了金融创新自组织演化的内在机理，并且说明了系统熵值的变化贯穿整个演化过程，建立了有关金融创新系统演化的方程，并且通过次贷危机中的美国和加拿大的比较作为案例分析，验证了本文理论分析部分的结论。　　 首先，给出了金融创新系统及相关概念的定义，从系统演化的角度，对金融创新系统演化的特征及演化阶段进行了初步的分析。具体给出了金融创新系统的元素，结构，环境的定义，描述了金融创新系统在雏形期、成长期、成熟期、衰退期四个阶段上内部元素及外部环境的条件。分析了系统整个演化过程的不确定性，动态性，及自组织性的特征。　　 其次，深入研究金融创新系统自组织演化机理，从演化条件，动力机制，道路选择几方面对金融创新的自组织本质进行阐述，并且对系统的熵流交换过程进行分析，建立金融创新系统演化的自组织模型。通过对系统的对外开放，非平衡性，非线性作用，存在涨落等性质的考察，说明金融创新系统具备自组织演化的条件。通过对系统熵流分析，说明外部负熵流入对保持系统演化稳定有序进行的重要性。认为系统内部的竞争与协同作用是系统演化的根本动力，分岔点上通过外部环境的选择作用走上自组织演化的道路。基于系统演化机理的规范分析，建立了模型，并得出了外部环境对创新系统有序演化的至关重要的结论。　　 再次，结合美国金融危机的现实案例对金融创新演化模型进行验证，同时加入加拿大的对比案例，从熵流角度充分论证良好的金融创新环境和内部风险控制在创新系统演化中的作用。并且通过总结美加两国的创新经验，针对我国目前金融创新系统演化中存在的问题，提出了政策建议。