咸丰三年初，山东开始通省举办团练。清廷希望团练能让山东真正成为“畿辅屏障”。然而，山东的团练不仅未能有效遏制“叛乱”的蔓延，反而严重威胁着官府的权威和利益。他们不仅动辄抗粮抗官，还试图取代官府成为地方的实际控制者;一些野心更大的团练甚至占据县城，走上了“反叛”朝廷的道路。　　在如何应对团练威胁这一问题上，一些州县官对武力清剿的依赖以及这一手段的最终成功不应掩盖这样的事实:相当多的州县官出于对考绩的担忧而将清剿视为下策;一些州县官本欲清剿，却因上司的阻力而无法实施;地方高级官员之间在团练处置办法上存在着相当大的分歧，一些人坚持认为，欲治理团练的跋扈，羁縻是比清剿更为合适的策略。　　当时的山东并不仅仅是团练与官府角逐的舞台。咸丰十年夏，清廷在团练大臣政策的基础上开始向各省派遣督办团练大臣。出乎清廷的意料，以促进军事行动和加强团练控制为使命的督办团练大臣在很大程度上反而助长了团练的跋扈。不仅是地方官员，连督办团练大臣的下属都认为自身的存在严重削弱了地方官府对团练的控制。在一片批评声中，朝廷不得不将督办团练大臣撤回。　　自团练战略实施之后，朝廷内外对团练的批评声便随之而起，并有日益激烈的趋势。因为团练的效果远不如当初期望的那样显著，甚至在一定程度上成为朝廷新的敌人。对于团练之乱的缘起，官员们在指责绅士“借团生事”以及督办团练大臣政策助长了团练之乱的同时，他们也意识到，地方官的贪赃枉法才是团练之乱的根源，绅士们的“借团生事”在很大程度上是为了反抗官府的贪暴。　　团练与官府之间的冲突反映的仍然是传统的社会问题:吏治的腐败、绅士的地方主义倾向与国家对绅士的控制。