农业高效用水补贴是促进农业用水效率提升、高效用水农业发展、农民收入增加的重要手段，现阶段新疆采取的是无差别、均等化、低水平的农业高效用水补贴方式。本文分析新疆现行农业高效用水补贴政策效果，探讨差别化补贴方式实施的可行性，并进行新疆农业高效用水补贴政策分析设计。文中通过可变模糊评价模型、相关系数法、数理分析模型、案例法综合研究了农业高效用水补贴对农业用水效率提升、高效用水农业发展、农民收入增加的作用。通过建立新疆农业高效用水分区指标体系，选择具有代表性的伊宁县、阿勒泰市、呼图壁县、阿克苏市、焉耆回族自治县和哈密市共六个县（市），并采用L-P规划方法，模拟地区农业生产约束条件集和目标函数。构造农业生产的土地要素约束、资金要素约束、劳动力约束、农业水资源约束等多项条件，以及区域农业生产利润最大化目标函数，对新疆农业高效用水补贴政策效果进行模拟研究。运用大丰镇红山村、联丰村调研数据，模拟研究农业高效用水补贴效果、以及和差别补贴的对比效果。研究表明：随着农业高效用水补贴标准的提高，农业利润增大，单位面积利润上升，高效用水土地面积增多；不同区域中，农业利润差异大；不同作物中，随着农业高效用水补贴标准的提高，单位价值高、耗水量大的作物首先进行高效用水建设；差别化补贴政策对区域农业产值增加的推动力强于均等化的补贴政策。最后，针对现有零散的农业高效用水补贴政策，结合研究成果，构建了基于差别化农业高效用水补贴的政策体系，并从新疆农业高效用水补贴政策内容分析设计、实施以及效果评估三个方面进行了系统研究。