科学的指标体系是政府绩效评估的关键。我国政府绩效评估还处于发展和应用的初级阶段，诸多问题表象的背后，是科学的政府绩效评估指标体系的缺失。尽管在政府部门构建科学合理的指标体系存在着很大的困难，但是我们不能因为困难而默认现状。尤其是我国政府己经加入WTO，政府的职能需要进一步的转变，而我国政府职能转变了十多年，仍然没有取得实质性的突破，一个重要原因就是绩效评估活动的失败。所以，为了顺应日益严峻的国际形势，实行有效的绩效评估制度至关重要。而有效的绩效评估的第一步就是要有科学合理的绩效评估体系。同时，企业在绩效管理、评估方面的有效性和成功经验，为我们提供了一个可以参考和借鉴的对象。当前的管理主义理论为以政府为核心的公共部门引进企业评估制度准备了理论基础，而西方的改革实践已经证明了其可行性。政府在构建绩效评估指标体系时可以借鉴企业的理论、方法、技术。但是又由于政府自身的特殊性，在借鉴的同时要把握好边界的问题，不能将企业绩效管理的方法和经验直接生搬硬套的应用于政府绩效评估，要注意理念、经验、方法上的借鉴，并将其与政府的公共性格很好地融合起来。利用平衡计分卡构建和改进政府绩效评估指标体系，是一个可行的路径。平衡计分卡的精髓与政府绩效评估指标体系构建价值取向之间的内在切合，同平衡计分卡在公共部门的实际应用研究表明，平衡计分卡能很好的改进政府绩效。所以运用平衡计分卡，在确定服务型政府愿景和明确政府战略定位的基础上，从顾客角度、内部流程角度、财务角度、学习／成长角度来设定评估指标，对构建新的政府绩效评估指标体系将有所裨益。