随着科技进步速度的加快、技术复杂程度的提高，自主创新需要依赖于更多的R&D投入和外部条件的支持，其中政府在提供R&D资源、推动企业自主创新上的作用日益显著。但是在现有的研究中，不论是秉承熊彼特创新思想的技术创新理论，还是新古典理论，都没有令人满意地解答政府R&D资助的作用、方式、传导机制等一系列核心问题。本文从微观、中观和宏观等三个层面分析了政府R&D资助的理由，同时认识到这种政策工具耗费了一定的财政资金，而且还可能产生“政府失灵”问题。在此基础上，本文提出政府R&D资助与其他创新政策存在一定的互补关系，政府R&D资助政策是相机抉择的观点。此外，本文利用新制度经济学的路径依赖理论解释了技术后进国政府R&D资助的必要性。由于技术后进国是以技术引进为起点的，在路径依赖的自增强机制的作用下，企业会强化对技术引进的依赖。政府R&D资助能够弥补企业建立自主创新路径的成本，从而促使企业走向替代路径。　　 本文重点关注了四种政府R&D资助方式：财政直接资助、税收优惠、金融支持和政府采购，并分别研究了四种资助方式对企业自主创新的作用机制，提出了政府R&D资助方式应该与创新的不同阶段、创新的不同模式相匹配的观点。在理论层面上，本文还研究了政府R&D资助的影响效应，政府R&D资助与企业R&D投入之间既可能是互补关系，也可能是替代关系，而最终效应则取决于技术机会、市场规模、融资成本、制度等一系列相关因素。　　 对我国政府R&D资助方式的分析，本文发现我国政府R&D资助是以直接资助为主，间接资助相对较少。与发达国家政府R&D资助相比，我国政府R&D资助的数量和比重都是偏低的。本文还分析了我国政府R&D资助的相关制度，并指出我国政府资助政策上存在的缺陷，包括了财政直接资助金额小、缺乏针对初创企业的财政补贴措施；税收政策还不够规范、针对性还不强；金融支持政策存在政策工具单一、对企业支持力度不够大的问题；政府采购存在采购规模较小、运作不规范的问题。　　 本文运用实证研究方法对我国政府R&D直接资助的效果进行了总体评价，研究发现政府R&D直接资助的产出弹性小于企业自筹R&D的产出弹性，企业R&D的产出弹性大约是政府R&D产出弹性的2～8倍，说明了政府R&D直接资助的产出效果低于企业R&D的产出效果。还发现在低技术行业、民营经济比重高的行业政府R&D资助的产出效率相对较高。　　 本文运用我国产业层面的数据，检验了三种政府R&D间接资助方式对企业自主创新的影响效果。结果发现：①政府R&D税收优惠对企业R&D支出的激励效应是显著的，而政府R&D直接资助对企业R&D支出的影响存在较大的不确定性。②我国各制造业存在着较为显著的R&D融资约束，特别是中小型企业、民营企业所遇到的融资约束问题尤为严重。政府采取的贷款保证、贴息等融资支持的政策对企业的影响较为微弱。③我国政府采购与企业自主创新之间存在着长期的稳定关系，并发现政府采购通过降低企业R&D的不确定性、增加R&D预期收益、提高知识存量等三条途径促进企业自主创新。　　 本文重点分析中国代工企业、装备制造企业和高技术企业等不同类型企业的自主创新模式，提出了与我国本土企业创新模式相匹配的政府R&D资助体系。对于代工企业，政府R&D资助的作用在于建立行业和企业的技术研发中心、对传统产业升级提供资金与技术的支持。对于装备制造企业，政府R&D资助政策的着力点应该放在激励具备一定技术能力的企业在消化吸收之后逐步由模仿走向创新，以及加大对研发联盟的资助。对于高技术企业，政府的R&D资助作用在于，通过多种资助工具为企业提供R&D资金和R&D支持，特别是积极引入风险基金的金融支持。最后，本文从完善政府R&D资助的法律制度、协调机制、资助规模、资助手段、监督机制等方面论述了如何改进我国政府R&D资助体系。