随着科学技术的深入发展，科研团队已代替个人成为科研创新的主要载体，科研机构是科研团队的有效组织形式。促进自主科技创新的关键在于建立合适的科研机构管理体制，促进科研团队研究效率。科研体制对科研机构研究效率有重要影响。科研体制通过对科研机构的科研选题、使命定位、人事管理、项目管理等多个途径影响科研机构与科研团队的绩效。过去的近三十年间，我国科研机构历经多次重大改革，均涉及科研机构体制的改革与转变。历次科研改革后，我国的科研机构发展出了公立科研机构、企业内设科研机构、专业研发服务机构等多种不同的组织形态。不同组织形态的科研机构在使命定位、运行模式与治理结构上各具特点。本文希望探求的是，科研机构的使命定位、运行模式与治理结构等因素是如何影响机构的绩效。在理论分析的基础上，本研究运用“使命定位—运行模式—治理结构”分析框架，采用案例分析法，通过对生命科学领域三个具有一定代表性的科研机构——深圳华大基因研究院、北京生命科学研究所与中国科学院北京基因组研究所（以下简称“基因组所”）开展重点案例调研，对其使命定位、运行模式、治理结构等方面进行描述、分析、归纳，总结三个机构的发展经验、分析印证假设，最后在案例研究的基础上完善了分析框架，归纳影响科研机构绩效的因素以及因素之间的作用机制。研究表明，科研机构的使命定位与运行模式相匹配的情况下，能更好的促进其绩效。而治理结构是影响科研机构绩效的根本影响因素，其限定了科研机构绩效的波动范围。而运行模式等其他因素的调整影响了绩效在范围内的具体波动。在此基础上，本研究提出了相应的政策建议。