目前,中国经济处在转型升级的重要历史阶段,制造业作为国民经济的基础组成部分,其发展近期更是被提升到国家发展的战略高度。我国制造业的转型升级的目标是能建成一批处在全球产业链高端层次的智能化、信息化的高技术产业。高技术产业的“高”正体现在其产出的增长可以相对较少的依赖要素的投入而更多地靠生产效率的提高来推动。这里,生产效率指的就是企业的全要素生产率。探索现阶段我国高技术产业的全要素生产率及其影响因素应是未来经济转型研究的重点之一。本文利用非参数的DEA方法测算出了2001-2013年我国高技术产业(制造业)的全要素生产率(TFP) Malmquist指数,并对其影响因素进行了实证分析。实证结果发现国内R&D投入与国际贸易渠道的R&D溢出是促进中国高技术产业全要素生产率增长最为重要的因素。并且市场化的制度变迁通过影响国内R&D投入的配置效率对产业的生产效率也产生了显著的正向影响。最后本文根据研究得出的结论,为更好地发展我国的高技术产业提供了一些政策建议。