两种水稻病毒胁迫下水稻的生物信息学研究

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水稻矮缩病毒(Rice dwarf virus,RDV)和水稻条纹病毒(Rice stripe virus,RSV)是两种对水稻生长有着重大影响的病毒,对我国水稻生产造成巨大威胁。RDV是呼肠孤病毒科(Reoviridae)、植物呼肠孤病毒属(Phytoreovirus)的成员,是水稻普通矮缩病的病源,广泛分布于中国、日本、朝鲜、菲律宾、尼泊尔等东南亚水稻种植区。RSV是纤细病毒属(Tenuivirus)的代表种,其分布更为广泛,因此危害也更严重。病毒与寄主互作的分子机制研究表明,病毒侵染后寄主会发生一系列防御反应。从转录组水平上揭示在病毒胁迫下的水稻抗病相关基因的表达模型,对于研究病毒与寄主互作的分子机制具有重要的理论和应用意义。本文在全面分析水稻分别受RDV和RSV胁迫下的基因表达谱数据的基础上,从对抗病与感病品种的比较、RDV与RSV胁迫下基因表达谱的变化这两个角度,利用计算机编程方便快捷的处理数据,进行大规模的生物信息学分析,得出水稻在病毒胁迫下的几条显著差异且具有代表性的代谢途径(pathway)。本文还着重通过对植物激素——赤霉素(gibberellin)代谢及其调控的生物信息学分析,深入探讨水稻受病毒胁迫的机理。
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