休闲农业作为一种新兴产业以其生态、绿色、环保、休闲特色受到越来越多的关注。国内外宏观经济环境和旅游市场需求的变化,加快了城乡一体化和新农村建设进程,为休闲农业的发展创造良好的机遇,同时也使得一些深层次的矛盾逐渐突出。因此,加快休闲农业结构优化升级,是休闲农业转型可持续发展的必由之路。本文以南京市休闲农业作为研究对象,在对国内外休闲农业相关理论进行梳理分析的基础上,借鉴多功能理论、附加值理论、体验经济学理论以及可持续发展理论等相关理论模型和数学模型,对南京市休闲农业现状作了量化研究。运用位序-规模法则对南京市休闲农业规模结构进行分析；运用文献综述、多年数据分析和实地调研访谈等多种方法对南京市休闲农业产品结构进行梳理和分析；运用最邻近距离、地理集中指数、基尼系数、地理联系率对南京市休闲农业景区空间结构进行分析。基于上述分析,从产业、产品、企业等几个方面提出相关优化建议：①休闲农业空间结构优化：依托《国民旅游休闲纲要》,促进环城市带休闲农业发展；推动产业集聚,形成小分散,大集聚。②休闲农业产品结构优化：拓宽产品功能,形成多样化的休闲农业产品;创新休闲农业产品,增加文化创意和科技投入。③休闲农业企业结构优化：推动休闲农业企业集团化,打造整体休闲农业市场；以政府为指导,企业为核心,加强对休闲农业企业的监督和管理。