随着我国市场经济的较快发展与税收征管改革的不断推进,税务风险日益成为影响企业健康发展的重要因素,贯穿在企业的各项活动中,特别是对于大型企业而言,税务风险更具复杂性和关联性,企业应当引起重视。医药行业对社会经济的发展影响重大,同时关乎着百姓的生命健康与社会的平稳运行,但是近年来医药行业涉税违规现象较多,成为税务稽查的八大重点领域之一。为打击医药行业存在的大量虚开发票等违规违法犯罪行为,国家卫计委联合国家税务总局等八部门在政策层面上出台医改“两票制”政策,财政部也就医药企业会计信息质量进行了检查,违规处罚率达到86%,其中不乏大型医药上市公司。在此背景下,医药企业面临的税务环境将更复杂,而我国大型医药企业大都存在缺乏系统的税务风险内控体系的问题,防范税务风险的能力有限。因此,当前研究我国大型医药企业税务风险内部控制问题具有重要的现实意义。本文首先对大型医药企业内涵、税务风险内部控制等相关理论研究成果进行总结,继而阐述了医药行业的现状、涉税情况、重要涉税风险点,然后以从事医药研发、生产、流通与销售的大型综合性医药公司H医药公司为案例,运用税负分析法和流程分析法挖掘企业的税务风险,深入分析该医药企业当前面临税务风险、建设难点及成因,主要体现在企业税务风险内控体系不完善,控制税务风险的能力有限,在当前背景下,H医药公司需要重点关注销售费用与研发费用、采购环节与销售环节的涉税处理。文章最后回归到大型医药企业的共性层面进行分析,提出税企合作的税务风险内部控制体系建设方案,主要从税务风险内控环境、税企合力梳理税务风险点、税务信息化建设、加强内外监督和保障等方面提出了加强大型医药企业进行全面税务风险内部控制的建议。