生物大分子结构功能关系的研究是探索疾病发生发展机制、寻找新的药物靶点和药物设计中不可或缺的组成部分。随着越来越多的复杂蛋白质调控机制的提出,传统的实验生物学手段已经无法全面地阐释这些调控机制,因此分子动力学模拟的方法被广泛地应用以补充传统生物学方法的不足。本次研究采用了较为新颖的动态相关性网络结合分子动力学模拟的方法,分别对人类乙酰胆碱酯酶的正协同调控机制以及K-Ras突变体蛋白的别构调控机制进行了研究,在验证了前人实验结果的基础上,详细地阐释了这两个蛋白的调控机制。通过比较发现,有无结合小分子抑制剂的动态相关性网络具有显著差异,而且小分子抑制剂会显著地影响网络社团之间的信息传递。最后我们通过最短路径的算法找到了调控的通路,并通过突变和网络扰动实验验证了调控通路的存在,为以这些蛋白为靶点的药物设计奠定了基础。以上两个应用实例验证了动态相关性网络在疾病相关蛋白的长程调控机制研究中的重要作用,也为其他与疾病相关蛋白调控机制的研究提供了新的思路。