现代化指控通信系统中，上装的电子信息设备种类繁多、密度高，电磁兼容问题日趋突出。针对车载通信系统电磁兼容指标分配方法的研究日趋重要，且需要开发出相关的指标分配软件。首先针对车载通信系统电磁兼容指标，研究其特有属性，依据指标体系构建原则，建立了车载通信系统电磁兼容指标体系；基于已有指标分配和最优化理论，结合车载通信系统电磁兼容指标特性，对已有指标分配优化模型进行了改善，提出了广义成本最优的指标分配方法；针对定量指标成本函数中的可行度参数，应用多元非线性规划理论，结合指标的概率分布特征，确定了指标的可行度函数，通过对实际数据源进行算例分析，验证了该方法的可行性。最后，基于软件项目开发理论，从软件项目计划、需求分析及软件设计方面进行了车载通信系统电磁兼容指标分配软件的开发。