随着我国经济的快速发展,市场竞争变得越来越激烈,商业秘密作为企业竞争的重要资源成为争夺焦点,因此导致商业秘密侵权纠纷不断增多。在司法实践中,许多商业秘密侵权案件都与专业技术有关,而且案件涉及的技术领域十分广泛。然而,我国法院中绝大多数知识产权庭的法官缺乏专业技术方面的知识,这就给案件审判带来障碍,为了准确认定案件事实和正确适用法律,我们必须借助司法鉴定制度来查明案件事实,从而依法作出公正的裁判。从整体来看,我国对商业秘密的保护不是很全面,有很多制度需要完善,本文从商业秘密司法鉴定入手,首先分析了商业秘密司法鉴定制度中存在的问题,然后指出了商业秘密司法保护中存在的其他问题,最后针对这些问题提了一些建议,希望能对我国商业秘密保护理论研究和司法实务有所帮助。全文共分为五部分：第一部分阐述了商业秘密的基本理论问题,包括商业秘密的定义和构成要件。第二部分阐述了商业秘密司法鉴定的范围、内容及必要性,范围主要为技术秘密,内容包括涉案技术信息是否不为公众所知悉和原、被告技术信息是否相同或实质相同。第三部分分析了商业秘密司法鉴定程序中存在的问题,主要有司法鉴定程序的启动、鉴定机构和鉴定人员的选任及鉴定事项的委托等问题。第四部分指出了商业秘密司法保护中存在的其他问题,如证据保全申请如何审查、举证责任分配以及涉密证据如何质证等问题。第五部分针对以上问题,从立法、制度完善和宣传几方面提出了几点建议。