改革开放以来，中小企业迅猛发展，据不完全统计，中小企业为我国提供了将近90%的就业岗位、提供了将近50%的税收，在我国国民经济中有着不可忽视的作用，然而近年来许多中小企业的发展却受到了限制，其中一个很重要的原因是内部控制存在诸多问题。本文以杭州市中小企业为研究对象，基于COSO框架以及内部控制的一些经典理论为依据，结合中小企业的特点，通过设计问卷调查和访谈来了解杭州中小企业的现状，再利用EXCEL和统计软件SPSS等和对问卷调查和访谈结果进行定量和定性分析，对杭州中小企业内部控制存在的问题进行了深入研究，并利用交互分析等方法来探寻其存在的原因，研究发现，杭州中小企业的内部控制在控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通，监督都存在诸多问题，主要表现在以下几个方面：整体的控制环境比较差，但内部控制制度不健全，具体表现在管理层内部控制意识薄弱；公司治理结构不完善，存在一人身兼数职，多数中小企业没有董事会、监事会等职能部门。而有些企业设有审部门却没有发挥应有的监督职能作用；绩效考评制度不完善，薪酬制度不合理，一些关键岗位的管理员流失情况严重；反舞弊机制不健全，大多数中小企业未建立反舞弊机制，缺乏信息反馈制度；监督不力，内部审计没有发挥监管作用，财务违规事件频繁发生。针对上述结论分析了其存在的原因有：中小企业内部控制执行者素质不高；人员规模较小，组织结构简单且管理不健全；以及财务人员素质不高，缺乏监督。内部控制制度执行不到位；家族制管理色彩较强，任人唯亲，缺乏奖惩制度等。因此这在一定程度上对于中小企业有存在的合理性。基于这些原因提出要强化管理层内控意识、提高管理者素质，完善公司法人治理机制，健全绩效考评制度，特别是薪酬激励制度，以及建立投诉渠道，强化监督等建议。