近年来,随着我国改革开放的深入进行,特别是最近加入WTO,加之高校办学自主权和办学规模的逐步扩大,高校管理体制和监督约束机制的发展,加强财务管理和内控制度显得越来越重要。但是我国高校财务管理还存在着经济责任制难以落实、财务内控制度不完善、高校资产安全保障存在隐患、预算管理不完善、管理水平急需提高等诸多问题。建立完善的各项财务规章制度和内控制度,才能保证学校各项工作的顺利进行。本文首先从分析我国高校财务内控制度的现状入手,引出了建立健全高校财务内控制度的重要性和必要性;接着概要阐述了高校财务内控制度的含义,并介绍了高等学校财务内部控制程序和方法,以及高校的预算内部控制、资产内部控制、成本内部控制、财务分析与评价、财务审计等高校内部控制的方式等高校财务内控制度相关理论;然后通过分析CE高校的财务机构设置和财务内控制度存在的问题,并结合学校财务的预算、收入、支出的实例,分析了存在的问题,进一步强调了加强高校财务内部控制的必要性。最后,本文提出了高校需要从转变观念、提高财务理财意识、强化预算管理、多渠道筹措教育资金、各部门落实成本核算等多个方面去解决存在的问题。进一步说明了建立完善的财务内部控制机制无论对CE高校,还是对其他高校,对其提高未来的竞争力和提高管理效率都是非常有必要的。本文通过理论和实际数据相结合并辅以图表的方式进行。高校财务内部控制不仅仅有着理论上的意义,更有实际意义。各个高校应当充分认识到财务内控的重要性,强化财务管理,落实各部门成本核算,从而提高高校办学的经济效益和社会效益,增强竞争力。