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单环刺螠是一种身体不分节,两侧对称,并有体腔的软体海洋蠕虫,具有丰富的营养价值和药用价值。隶属螠虫动物门（Echiurioidea）、螠纲（Echiurida）、无管螠目（Xenopneusta）、刺螠科（Urechidae）、刺螠属（Urechis）,是无管螠目在我国沿海分布的唯一种类。其分布区狭窄,主要分布于中国渤海湾、韩国和日本海域。由于海洋污染导致单环刺螠栖息地减少,再加上过度捕捞致使其种群数量的大范围缩减。然而,对于单环刺螠种群的遗传多样性和结构都没有采取过系统性研究。在本研究,我们收集了中国渤海湾（烟台、大连、莱州、秦皇岛、葫芦岛）、韩国庆尚道南海郡共6个地区105个单环刺螠样品,并结合GenBank中9个COI和1个28S-rRNA日本样品的基因序列,通过线粒体COI（457 bp）,16S-rRNA（451bp）与核基因28S-rRNA（680 bp）基因片段,对单环刺螠种群遗传多样性和遗传结构进行分析。基于COI序列,单环刺螠遗传多样性仍居于较高程度（单倍型多样性:0.9595,核苷酸多样性:0.0101）。在3个基因标记中,由28S-rRNA序列所定义的遗传多样性最低（单倍型多样性:0.4084,核苷酸多样性:0.0007）。除了线粒体基因与核基因之间不同的突变率和遗传模式,地理位置之间的基因流动也会导致核基因序列多样性降低。通过COI序列,群体间分化指数FST(FST值为–0.002040.05210)和分子方差分析AMOVA结果都表明不同群体间分化不显著,99.12%的遗传变异来自于群体内。两种系统发育树（分别基于COI、16S-rRNA和28S-rRNA序列的Bayesian树和基于COI序列的ML树）与基于COI序列构建的单倍型网络图均未形成显著的地理集群,所有不同种群的单倍型混杂分布。我们的结果表明单环刺螠不同区域群体间的遗传分化微弱,各群体间有着广泛的基因交流,没有形成显著的种群遗传结构,因此在自然资源保护过程中,可以将不同地理种群的单环刺螠作为一个整体种群。这可能由于单环刺螠幼体在浮游期间的广泛分散,以及在我国渤海湾与韩国、日本海域之间没有明显的地理阻隔所造成的。中性检验Tajima’s D为显著性负值（–1.9468）,并且单倍型网络图呈现出星状分布,均显示单环刺螠经历了近期的群体扩张事件。我们的研究为单环刺螠种群遗传评估提供可靠的依据,这对于该物种的资源保护具有重要的参考价值。