21世纪的今天互联网技术迅猛发展让人们迈进了一个全新的信息化时代。但是我国的医疗行业并没有充分利用这一技术,网络资源的利用率是十分低下的,就拿新型农村合作医疗管理来说仍然不能真正实现信息化进程,传统的人工操作方式依旧位于主要地位。如何发挥新型农村合作医疗的真正价值,成为了目前一个十分重要的研究课题。论文以市级新农合的特点作为基础分析新农合信息化现状,同时结合决策支持系统实际发展情况,提出了Apriori算法在新农合辅助决策中的应用。首先,本文通过对辅助决策系统的相关概念的阐述、数据挖掘相关算法的说明与分析,建立了新农合辅助决策系统的数据仓库模块,此模型通过Java语言开发设计,构建了B/S模式的程序,然后,通过对新农合运行管理过程中产生的数据进行数据仓库创建,将业务数据进行汇总分类加工进化后进入到数据仓库中,通过SIB的DBSource构件从新农合数据源中抽取模式信息,用Apriori算法对这些新农合信息数据加以分析,在数据集成过程中SIB提供DBOperator构件把抽取的数据进行转换、清洗、过滤等,通过格式化得到统一的数据结构,进行数据标准化消除那些不一致性方面的问题,最后再对这些数据进行分析挖掘,为新农合管理人员提供决策技术支持,从而实现医疗服务的精细化和智慧化,充分发挥出信息化系统自身优势真正实现高效工作的目的,为未来的辅助决策系统深入研究做一个参考。