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紫花苜蓿适应性广、根系发达、品质好、营养丰富、生产利用价值大,被誉为“牧草之王”,其蛋白质、能量、矿物质和维生素的含量能够满足多种家畜生产的营养需要,是当今牧草研究领域的热点草种。黄花苜蓿在我国分布广泛,虽然其再生性及生产性都低于紫花苜蓿,但因其耐瘠薄、抗旱性强,适宜在干旱地区推广种植。近年来,苜蓿的栽种面积不断扩大,成为我国草产业发展中的支柱产业。但是,在苜蓿生长过程中,通常会受到干旱胁迫的影响,导致产量下降甚至死亡,因此研究干旱胁迫对苜蓿生长发育的影响及苜蓿自身对干旱胁迫的响应具有重要意义。干旱胁迫可发生在苜蓿生长发育的各个阶段,并影响苜蓿的形态建成,是苜蓿生产的重要限制因素。本研究以课题组自主培育的抗旱型紫花苜蓿(M1)和抗旱型黄花苜蓿(M2)品种为材料,基于聚乙二醇(PEG-6000)模拟干旱胁迫下苜蓿在形态、生理上的响应,对M1、M2苗期根系进行了转录组分析,研究M1与M2的抗旱性,并揭示二者抗旱性差异产生的生理及分子生物学基础,初步挖掘了苜蓿的抗旱基因。主要研究结果如下:(1)在不同浓度(4%、8%、12%、16%、20%、24%、28%、32%)的PEG-6000模拟干旱胁迫条件下,随着PEG胁迫浓度的增加,紫花苜蓿和黄花苜蓿的发芽率、相对发芽率、发芽势、发芽指数都呈下降趋势,在处理浓度为12%时,二者的大多数种子萌发指标与对照相比差异显著,12%的PEG浓度为二者苗期模拟干旱胁迫的最适浓度。(2)12%PEG干旱胁迫处理下,紫花苜蓿的电导率、MDA含量在多个处理时间点高于黄花苜蓿,紫花苜蓿的细胞膜受损程度大于黄花苜蓿;二者的SOD、POD、CAT活性均表现为先升高后降低的趋势,两种苜蓿22日龄的幼苗,在12%PEG处理6h时已经产生干旱胁迫,处理18h的干旱胁迫程度达到了它们能够自我修复的极限。(3)对12%的PEG干旱处理6h和18h的紫花苜蓿苗期根系进行转录组测序,获得94739个unigene,N50为1167bp。对照组有82408(86.98%)个基因表达,6h处理有87841(92.72%)个基因表达,18h处理有87869(92.75%)个基因表达。经过蛋白编码框预测与序列注释,共得到65846条有注释结果的unigene蛋白。6h胁迫与对照相比有9346个差异基因,胁迫18h与对照相比有19443个差异基因,胁迫6h与18h处理之间表达量显著差异的基因3462个。(4)对12%的PEG干旱处理6h和18h的黄花苜蓿苗期根系进行转录组测序共得到114347个unigene,N50为1130bp。对照组有103077(90.14%)个基因表达,6h处理有102658(89.78%)个基因表达,18h处理有102608(89.73%)个基因表达。经过蛋白编码框预测与序列注释,共注释得到74900条unigene蛋白。6h胁迫处理与对照相比有6180个差异基因,18h胁迫处理与对照相比有6534个差异基因,6h与18h胁迫处理之间共有1050个差异表达基因。(5)通过对M1和M2干旱胁迫的转录组测序结果进行比较分析,获得两种苜蓿同源基因家族27848个,同源基因65812个;GO分析主要富集到在生物过程本体中的细胞加工、响应刺激等条目,细胞组分本体的各条目均未被显著富集;在分子功能本体中,结合和催化活性条目上富集到的差异表达基因最多。KEGG富集分析显著富集到植物-病原菌的交互和氰氨基酸代谢。