耻垢分枝杆菌Ms6564是一个具有广泛调控功能的TetR家族转录因子。前期工作中已证实该转录因子主要作为转录激活子,正调控大量细胞周期和损伤修复相关基因的表达,负调控分枝杆菌的细胞生长和基因的突变频率。但是,该调控子和DNA相互作用的分子细节还不清楚。本研究基于课题组近期解析的Ms6564与靶DNA复合体晶体结构,通过定点突变详细研究了Ms6564与DNA相互作用的分子基础,主要取得了以下结果：(1)设计和纯化了Ms6564 10个定点突变体蛋白和4个N-端截短蛋白,进一步通过突变体蛋白与靶DNA片段的凝胶阻滞实验,证实了Ms6564蛋白的第47位赖氨酸(Lys)是Ms6564蛋白与DNA结合的关键氨基酸残基。(2)设计和合成了4个含有关键碱基的DNA突变底物,通过Ms6564蛋白与这些DNA突变体的体外结合实验,发现了蛋白质识别的保守碱基并进一步提出了一个新的Ms6564蛋白识别Motif序列GXCXXTXCGXCXXGXC。(3)基于新鉴定的Motif序列,通过搜索耻垢分枝杆菌全基因组启动子,获得143个可能与Ms6564结合的靶位点。进一步利用染色质免疫共沉淀实验(ChIP)证明了Ms6564在体内能与随机选取的其中34个启动子片段结合；而且qRT-PCR实验表明Ms6564能够调控这些靶基因的表达。因此,本论文成功鉴定了Ms6564结合DNA的关键氨基酸残基及其识别的DNA碱基,这些工作进一步揭示了Ms6564和DNA相互作用的分子机制,加深了我们对其功能的认识。