基于PCR-FRET的大肠杆菌快速检测新方法的建立

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在自然环境中,饮用水水源很容易受到病原微生物的侵染,被污染的水体中,通常能检测出大量的致病菌和肠道病毒。大肠杆菌作为水源中病原菌的标准指示菌,对水质安全监测具有重要意义,我国国标GB5749-2006生活饮用水卫生标准中严格规定:饮用水的大肠杆菌限值为每1 OOmL不得检出。然而,目前大肠杆菌的标准检测方法仍以传统检测方法为主,这些检测方法耗时长、操作繁琐,不适合对水样进行实时监控。如何快速准确检测出水体中大肠杆菌称为人们研究的热点。本论文围绕大肠杆菌快速检测来展开研究工作,选取高特异性、高灵敏度的PCR和具有准确定量的FRET原理来实现对大肠杆菌的检测。首先建立普通PCR法。选取大肠杆菌的特异性保守性基因uidA作为目标检测物,对uidA进行引物设计后进行PCR实验,在保证引物的特异性和准确性后克隆成质粒,并根据质粒对PCR扩增的反应体系和反应条件进行筛选和调控,最后得到最佳的PCR扩增条件。然后建立QDs-Cy5基的FRET检测体系。选取反应条件温和的水相回流法来合成CdTe量子点,通过调节回流时间得到一系列发光效率较好的量子点。选取量子产率为53%、发射在602 nm的CdTe量子点为FRET的供体,根据Forster原理对比量子点与染料的吸收和发射光谱,选取在600 nm左右有较强吸收的花菁染料Cy5作为FRET的受体。根据目的DNA设计的一组适配子,与供受体对连接后形成捕获探针和报告探针,两组探针可与目的DNA特异性结合形成夹心结构并通过FRET来实现对目的DNA的检测。对检测中可能影响的因素进行适当调控后,成功对uidA基因进行了检测,其检测限为2nmol/L,且在2nmol/L-100 nmol/L范围内有良好的线性关系,线性系数为0.999。最后联立PCR-FRET,其可在3h内完成对大肠杆菌的检测。对uidA基因的检测结果显示其可检测到30copies的uidA,比普通PCR法的检测限约低一个数量级;该方法可检测大肠杆菌浓度在103-107 CFU/mL范围内的水样,最后对实际水样进行了检测,检测结果与平板法和普通PCR法结果相一致,但准确度还有待进一步提高。
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