在国家推进治理能力现代化的背景之下,高等教育内部治理改革也迫在眉睫。院系作为高等院校的基层组织,完善其治理结构具有重要意义。院系设置及其权责关系是我国高校院系治理中最为关键和基础的两个问题。台湾地区高等教育形成了自己鲜明的特色,其层次分明,许多公立高校跻身世界一流水平,分析其院系设置与权责关系对于大陆高校的院系治理具有重要的借鉴意义。本研究的方法主要有对政策文本的研究、基于网络信息数据的挖掘、以及与历史、国内外的对比分析等,通过这些方法的综合运用,以期达到研究的目的。台湾公立高校在院系设置上具有数量较少、以学科门类作为院系设置依据的特点,且不同类型的公立高校展现出了不同的特征。具体来说,综合性公立高校院系设置较丰富,以学科门类为主;技职类公立高校院系设置特色鲜明,兼顾社会需要;师范类公立高校以教育学院为主,兼顾文理。其院系的权责关系主要体现了依法治教保证权责对等,权力制衡与民主协商,教授治校与教师管理,学生参与与完善的申诉体系等特点。通过与历史和国外进行比较分析时,发现台湾公立高校在院系设置与权责关系中展现出极强的历史继承性,其稳定的院系设置与权责关系具有深厚的历史渊源。除了历史的承接性,同时还表现出国际的接轨性,也有现代的发展性和自身的独特性。针对大陆地区高校院系治理中存在的学院数量太多,学科容量过窄;学院设置缺乏统一标准,规范性不够;学院设置追求齐全,忽视自身特色与基础学科;校、院权责界限模糊,校级权责过于宽泛;权责不一致,缺乏有效监督;学术权力与行政权力的失衡等问题,结合台湾公立高校的院系设置与权责关系,大陆地区院系设置要坚持统一性和多样性,注重稳定性和适应性,功能的统一性等原则;另外在权责关系中要完善以章程为中心的制度建设,完善明晰的权力清单和权责监督机制,实现学术权力与行政权力的协调分配,协调各方利益相关者共同协商,民主决议。