衣原体是与革兰氏阴性菌有密切关系的在真核细胞内严格寄生的原核微生物,其生活周期分为原体(EB)和始体(RB)两个阶段。在原体时期,肺炎衣原体没有明显的代谢活动,但是其衣原体外膜能够侵染宿主细胞,从而分化成为始体。在始体时期,衣原体完成生长和繁殖过程。衣原体在感染宿主细胞后的二十多个小时内,以二分裂的方式产生大量的子代原体。子代原体成熟后通过裂解细胞的方式释放,从而完成一个生活周期。肺炎衣原体通过侵染人呼吸系统的上皮细胞,从而引起急性或慢性非典型性肺炎。此外研究还表明,肺炎衣原体可以引起动脉粥样硬化等多种心血管疾病。由于肺炎衣原体独特的生活周期,人们对其相关的生物化学和分子生物学的研究都较少,已有的研究主要集中于疾病的诊断和治疗方面。相比之下,对其内部机制的探究还不够充分。2000年肺炎衣原体AR39菌株的基因组测序工作完成,在基因组的1127个编码蛋白中,功能未知的蛋白质为531个,占全部编码蛋白的47.1%。对这些功能未知的蛋白质的研究,将有助于人们了解肺炎衣原体独殊的生活方式及相应的致病机理。基因组序列分析表明,肺炎衣原体具有很多参与芳香类化合物合成及代谢的酶,如合成酶、羟化酶、脱羧酶和甲基化酶。芳香类化合物及其衍生物,如泛醌、苯丙氨酸等,在生物体内具有十分重要的作用。衣原体蛋白组学的研究表明,参与芳香类化合物合成及代谢的酶在原体时期均不表达,因此推断这些酶应该是在始体时期发挥作用,即在衣原体的生长及繁殖时期发挥功能。对于芳香类化合物及其衍生物的合成及代谢途径的研究,可为进一步了解肺炎衣原体提供帮助。利用生物学软件分析肺炎衣原体的基因组,发现一个功能未知的蛋白质