植物内生菌是一类种类繁多、多样性极其丰富的微生物类群,代谢产物多种多种,有多种抗病、去虫、抑菌的活性物质,是当前人们寻找新型抗病、抑菌药物的重要资源。柑桔其内生菌资源很丰富,柑桔的冻害与病害的防治及果实品质跟内生菌有很大关系。本研究选取8种不同品种的柑桔通过组织表面消毒和耐冷处理,其内生菌采用稀释涂布平板法与划线分离法,在牛肉膏蛋白胨培养基与LB培养基上进行了分离纯化,分离得到了8种耐冷内生菌。运用传统的分类鉴定方法,对以上8种耐冷内生菌进行了革兰氏染色、芽孢染色、运动性检查等实验,对各耐冷内生菌的菌落形态,生长情况等进行比较观察,分析了相关生理生化特征。进而结合分子生物学方法,初步鉴定出了各细菌的菌属。结果表明：椪柑、脐橙、砂糖桔、葡萄柚中的内生菌GJ1、GJ2、GJ3、GJ7为芽孢杆菌属(Bacillus);金钱橘、沙田柚中的内生菌GJ4、GJ5为短芽孢杆菌属(Brevibacillus);血橙、冰糖柑中的内生菌GJ6、GJ8为类芽孢杆菌属(Paenibacillus)。本研究对不同品种柑桔耐冷内生菌16SrDNA序列克隆测序,采用MEGA4.0软件对所测序列进行聚类分析。结果表明：GJ1、GJ2、GJ3、GJ7菌株序列相似性高,聚为一类；GJ4、GJ5聚为一类；GJ6、GJ8聚为一类。本研究为柑桔品种耐冷性研究和耐冷内生菌的开发利用提供了重要的参考价值。