【背景】间充质干细胞（MSCs）是一种存在于多种组织中的、具有多向分化潜能的成体干细胞,在再生医学和免疫调节方面展现出广阔的应用前景。然而,一些研究发现,体外培养的不同组织来源MSCs在免疫调控功能上仍存在巨大差异。但目前关于不同组织来源MSCs免疫调控功能差异发生的潜在机制尚未清楚。此外,有研究发现MSCs与成纤维细胞具有相似的细胞形态、表面标志物表达、增殖能力、分化能力和免疫调控能力。但两者细胞身份的模糊性,限制了它们的进一步使用。【目的】比较包皮来源的间充质干细胞（FSMSCs）和脐带来源的间充质干细胞（HuMSCs）体外免疫调控功能的差异,并从单细胞转录组水平阐述FSMSCs和HuMSCs免疫调控功能异质性发生的潜在机制,以及MSCs表型和成纤维细胞表型的相关性【方法】首先,通过组织贴壁培养方法从包皮和脐带组织中分别培养得到FSMSCs和HuMSCs,并按照国际细胞治疗协会（ISCT）中关于MSCs的标准进行鉴定;其次,使用脂多糖（LPS）刺激人外周血单个核细胞（PBMCs）模拟体外炎症反应过程,并在这个反应体系中分别加入FSMSCs和HuMSCs进行共培养,然后取不同时间点的上清液进行酶联免疫吸附实验（Elisa）从而检测IL-1β、IL-6、IL-10、TNF-α和TGF-β1的分泌水平;然后,取P3代的FSMSCs和HuMSCs进行单细胞转录组测序,并通过生物信息学的手段分析FSMSCs和HuMSCs免疫调控功能差异发生的潜在机制;最后,从公共数据库中下载并整理骨髓来源的间充质干细胞（BMSCs）和脂肪来源的间充质干细胞（ADMSCs）的单细胞转录组测序数据,阐述MSCs和成纤维细胞两者在表型上的相关性。【结果】我们在体外成功培养出FSMSCs和HuMSCs,并按照ISCT中关于MSCs的标准鉴定它们的细胞身份。FSMSCs和HuMSCs可以附着于塑料培养皿表面生长,表达表面标记CD73、CD90和CD105和不表达表面标记HLA-DR、CD11b、CD19、CD34和CD45,也可以分化为成骨、成软骨和成脂肪细胞。FSMSCs和HuMSCs分别与LPS预处理的PBMCs共培养可有效降低IL-1β和TNF-α的分泌。其次,我们整合FSMSCs和HuMSCs的单细胞转录组数据,并鉴定出4类不同的MSCs亚群,分别为增殖性间充质干细胞（proliferative MSCs）、周细胞（pericytes）、免疫性间充质干细胞（immune MSCs）和增殖性间充质干细胞前体细胞（progenitor proliferative MSCs）。其中,我们发现immune MSCs在分化程度上与pericytes相似,且各种免疫相关基因、免疫相关基因集和免疫相关调控子也都富集在immune MSCs亚群中。而在细胞通讯网络分析中,immune MSCs和其他间充质干细胞亚群也密切联系。最后,我们整合比较4种组织来源的MSCs亚群组成时,发现包皮组织中的immune MSCs的比例是最高的,且整合后的单细胞转录数据可分为15个细胞亚群。这15个亚群都满足成纤维细胞表型,但仅12个细胞亚群满足MSCs表型。同时,我们还发现,部分具备MSCs表型的细胞亚群,也可具备周细胞表型。【结论】FSMSCs在体外的免疫调节能力优于HuMSCs。单细胞转录组测序提示immune MSCs可能在FSMSCs和HuMSCs免疫调控异质性中发挥重要作用,提示我们可以通过分离immune MSCs亚群来绕开组织异质性带来的免疫调控功能的异质性,从而发挥稳定而强大的的免疫调控功能。其次,单细胞转录组整合分析发现现有MSCs培养方法获得且满足ISCT鉴定标准的细胞亚群,都具备成纤维细胞表型。但满足成纤维细胞表型的细胞亚群,不一定具备MSCs的分子表型,提示我们成纤维细胞可能是一个比间充质干细胞更加宽阔的概念,即间充质干细胞可能是成纤维细胞的一个亚类。