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目的：观察清热化瘀Ⅱ号方对脑缺血再灌注损伤大鼠脑内β-淀粉样前体蛋白（β-APP）、微管相关蛋白1B（MAP1B）蛋白的影响，探讨清热化瘀Ⅱ号方对缺血性脑损伤大鼠的神经元保护作用机制。 方法：将成年健康 SD大鼠192只（雌雄各半）随机分为 RT-PCR组和免疫组化组，每组96只随机分为四组，即空白组（A组）：6只，假手术组（B组）：30只，I/R模型组（C组）：30只。清热化瘀Ⅱ号方组（D组）：30只。B、C、D每组按照缺血2h后再灌注（I/R）3h、6h、12h、24h、48h五个时间点平均分为5个亚组（n=6）。分别作如下处理：A组正常饲养，自由饮食。B组线栓只插入颈内动脉9mm，术后正常饲养，灌胃生理盐水。C组生理盐水灌胃3d后行MCAO2h,再灌注（I/R）后按时间点完全处死动物。D组灌胃清热化瘀Ⅱ号方3d，术后继续灌胃用药，余操作完全同C组。取材后常规HE染色并在光学显微镜下观察各组脑组织病理形态学改变，应用SABC免疫组化法检测β-APP在海马CA1区表达的变化。另一组取材后应用RT-PCR法检测大鼠海马区MAP1B mRNA的表达。 结果：1、HE染色结果：清热化瘀Ⅱ号方组与再灌注模型组病理形态学比较，在各时间点神经元受损明显减轻。2、免疫组化结果：①模型组大鼠脑缺血再灌注后3h后随时间延长β-APP蛋白表达平均光密度值逐渐升高，阳性细胞数逐渐增多，至再灌注12h时其平均光密度值升至最高，阳性细胞数达高峰(P<0.01)，再灌注24h时其平均光密度值降低，阳性细胞数减少，而48h时平均光密度值再次升高，阳性细胞数再次增加（P<0.01）。②与模型组比较，清热化瘀Ⅱ号方组6h开始随再灌注时间延长β-APP平均光密度值逐渐升高，阳性细胞数增多(P<0.01)。③以上结果说明，清热化瘀Ⅱ号方可能通过抑制β-APP蛋白的异常水解，减少Aβ的产生起到脑保护作用。3、RT-PCR分析结果：①大鼠脑缺血再灌注后，与假手术组相比,模型组6h时MAP1B的mRNA表达含量开始增加并随再灌注时间延长而逐渐升高（P<0.01）。②与模型组12h、24h、48h相比，清热化瘀Ⅱ号方组MAP1B的mRNA表达含量显著增高，差异均有显著统计学意义(P<0.01)。③结果说明清热化瘀Ⅱ号方有上调MAP1B表达，促进突触再生而发挥缺血后脑保护的作用。 结论：清热化瘀Ⅱ号方可能通过上调微管相关蛋白MAP1B的表达，抑制淀粉样前体蛋白β-APP的异常水解，对大鼠脑缺血再灌注发挥其神经保护作用。