中药质量控制一直是中药现代化一大难题,也是中药走向世界的瓶颈；单味中药本身已是一个复杂体系,那么由多味中药所组成的复方制剂,其系统的复杂性更不言而喻,这也使得复方制剂的质量控制变得愈加困难。本研究以一个19味中药组成的常用大复方一一牛黄上清丸为研究对象,从多个角度,采用多种分析手段及技术并结合化学计量学对其质量进行了研究,以期建立科学、合理、可靠、可行的质量评价方法,从而更全面地控制其质量。本文主要用以下几个步骤,逐步建立起牛黄上清丸的质量评价方法：1.用药典方法鉴别了牛黄上清丸组方中13味药材的质量,其余6味药材都经过鉴别为正品。2.阐明了系统指纹定量法原理,并解释说明了关键参数。建立了14批牛黄上清丸样品280nm和五波长RP-HPLC数字化指纹图谱,应用系统指纹定量法对得到的指纹数据进行了评价,揭示出牛黄上清丸HPLC数字化指纹图谱特征。建立了一个同时测定牛黄上清丸中6个有效成分的反相高效液相色谱法,该分析方法简便、准确,为全面保证该复方的质量提供了一种简单可行的方法。3.采用四面体优化法成功优化了高效毛细管电泳背景电解质的选择过程,该法简单、方便且实用。建立了牛黄上清丸的高效电泳指纹图谱,并用宏定性相似度Sm和宏定量相似度Pm对多批样品进行了质量评价。本文还进行了牛黄上清丸的双组分同时定量高效毛细管电泳分析,测定了方中阿魏酸和黄芩苷的含量,这两种方法简便易行,用样量少,成本低,对环境污染小,且不用购买昂贵的对照品就可以很好地控制牛黄上清丸的质量。4.成功建立了一个快速(20分内完成分析)、灵敏(和传统MRM法相比更低的检测限和定量限)并且可行的(采用了常规的LC-MS系统)MS方法,首次将DMRM法引进中药大复方研究,测定了牛黄上清丸中41个活性成分的含量,覆盖了方中19味中药中的15味。同时,推荐了一个建立新DMRM方法的标准操作规程。本方法应用于多批样品的分析之后,通过PCA,发现了32批样品中,同一厂家产品的质量具有相对较好的一致性,而不同厂家间的质量差异较大：并用OPLS-DA揭示了造成这种现象的原因。此外,通过查阅中国药典,分析了12个药材在各批次样品中的质量情况。5.提出了紫外指纹图谱指数等理论以及紫外指纹定量法,形成中药紫外指纹图谱超信息特征的数字化和定量化评价方法。利用紫外指纹图谱对牛黄上清丸尝试进行数字化和定量化整体质量评价。本文还探索性地建立了32批市售牛黄上清丸样品的燃烧热谱,并计算热含量相似度,从燃烧热能量角度反映化学物质整体含量,从整体上表征该制剂中全部化学成分整体质量,为其质量评价提供新的参考,同时为中药质量控制研究和代谢研究提供了一种新思路和新方法。本文通过以上步骤,从不同角度分析了牛黄上清丸的质量,证明了所建立方法的科学有效性,并且将之应用于多批市售样品的质量分析当中,成功地控制了其质量。本文所建立的方法,也期望可以进一步应用于其它复方药的全面质量控制,以保障人民的用药安全。