糖原累积病IXc型PHKG2基因新突变的鉴定和功能研究

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背景:  糖原累积病IX型(Glycogen storage disease type IX,GSD IX)是磷酸化酶激酶缺陷导致的一组遗传代谢疾病,是糖原累积病的常见类型。磷酸化酶激酶(Phosphorylase kinase,PhK)是由四个亚基α、β、γ和δ组成的全酶(αβγδ)4,是调节糖原分解和代谢的关键酶。GSD IX根据临床和遗传的异质性分为四个亚型:IXa、IXb、IXc和IXd。  GSD IXc型(OMIM613027)是PHKG2(OMIM172471)基因突变导致肝脏PhK的γ亚基缺陷的常染色体隐性遗传病,是GSD IX型中的罕见类型。一般婴幼儿期起病,表现为肝大、生长迟缓,肝酶升高、空腹低血糖、高乳酸血症、代谢性酸中毒、高甘油三酯血症和高胆固醇血症,肝纤维化和肝硬化风险较高。目前GSD IXc型患儿治疗主要是饮食治疗和对症处理,包括口服生玉米淀粉(uncooked cornstarch,UCCS),定期监测血糖。  PHKG2基因位于染色体16p11.2,含10个外显子,全长9.5kb,编码406个氨基酸。在HGMD数据库及文献中已报道31种突变,未见突变热点。  GSD IXc型临床罕见,到目前为止全世界对该病的报道只有27例,其中多数来自于欧洲和美洲,亚洲沙特阿拉伯3例和日本2例,国内尚无此病的报道和研究。自1996年Maichele等首次对PHKG2基因的gsd突变大鼠的进行研究报道之后,国外再无新突变体外功能学研究。本研究对1例GSD IXc型患儿进行临床资料的回顾性分析和PHKG2基因检测,总结临床表型和基因学特征,并进行PHKG2基因新突变的功能学研究,可以进一步提高对该病的认识和明确PHKG2基因突变的致病性和分子发病机制,丰富了PHKG2基因突变的功能性研究,为疾病预后、遗传咨询和产前诊断建立基础;同时提高了对γ亚基结构的认识,为将来进一步研究PhK与其他物质相互作用提供基础,为GSD IXc型的新治疗方案的探索提供有价值的信息。  目的:  对GSD IXc型患儿的PHKG2基因突变进行鉴定,探讨该病的临床特征和PHKG2基因新突变的致病性;建立PHKG2基因体外瞬时转染体系,探讨突变蛋白的表达变化和致病性。  方法:  1.本研究对二代测序筛查出1例GSD IXc型患者的临床资料进行回顾性分析。  2.对GSD IXc型患儿的PHKG2基因进行Sanger测序验证。查找HGMD和已报道文献证实突变是否已报道,查找SNP和千人基因组数据库是否为多态位点突变。  3.对新错义突变进行12个物种突变点的氨基酸保守性分析,应用SIFT、Polyphen-2软件在线分析预测新的错义突变的致病性。  4.使用PyMOL软件对PHKG2基因新发错义突变的蛋白三维结构构象进行预测。  5.提取患儿、生物学父母和同龄健康对照儿童全血总RNA,进行qRT-PCR检测PHKG2基因的mRNA表达差异。  6.以表达增强型绿色荧光蛋白的质粒p.cDNA3.1-EGFP为空载体,构建p.cDNA3.1-PHKG2-EGFP野生型质粒,通过定点诱变成含新发突变位点、含已知致病突变位点和含一种多态位点的四种突变型质粒,将上述质粒瞬时转染入COS-1细胞,再采用qRT-PCR检测细胞内PHKG2基因的mRNA表达水平,采用免疫荧光法和Western blotting法检测PHKG2蛋白蛋白表达情况,对2个新突变的致病性进行鉴定。  结果:  1.临床资料:确诊的1例GSD IXc型患儿新生儿期起病,表现为肝脏肿大,肝酶升高,空腹低血糖,乳酸升高和代谢性酸中毒。无明显体格生长迟缓,无血脂增高。  2.测序验证:GSD IXc型患儿PHKG2基因存在复合杂合新突变:1个为错义突变c.698T>C(p.Phe233Ser),另一个为小插入突变c.957_958insGG(p.Gly319GlyfsX6)。  3.致病性预测:新发的错义突变位点c.698T>C(p.F233S)在12个不同物种的氨基酸比对中提示高度保守。对新发错义突变F233S进行SIFT和Polyphen-2软件预测分析,结果提示SIFT评分接近0,Polyphen-2评分接近1。  4.蛋白的晶体结构预测:新发错义突变F233S改变了Loop上与其他氨基酸的连接,与H9的M241形成了不稳定的氢键。  5.外周血qRT-PCR检测:患儿PHKG2基因的mRNA表达水平显著降低;患儿父母各自的mRNA表达水平显著增高。  6.细胞体外功能表达检测:  (1)qRT-PCR检测发现野生型和突变型的PHKG2基因mRNA表达水平均较空载组显著升高,新发的错义突变F233S组的mRNA水平较野生型组表达减少,插入突变组G319fsX表达未见减少。  (2)免疫荧光和Western blotting结果提示2种新突变的PHKG2蛋白表达较野生型减少。  结论:  1.本研究报道了国内首例GSD IXc型病例,其临床表现肝脏肿大,肝酶升高,空腹低血糖,和代谢性酸中毒。  2.本研究发现PHKG2基因2种新突变c.698T>C(p.Phe233Ser)和c.957_958insGG(p.Gly319GlyfsX6),丰富了PHKG2基因突变谱。  3.本研究首次对GSD IXc型患儿家系进行外周血PHKG2基因的mRNA表达比较分析,首次构建含人PHKG2基因的p.cDNA3.1-PHKG2-EGFP质粒和对2种新突变蛋白进行体外表达功能学鉴定。生物信息学和功能表达均提示2种新突变可能为致病突变。
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