在现代社会中，突发公共卫生事件相比于其他的突发事件，发生的概率更高，在法治社会不断建设和发展的过程中，社会各界对公民人身自由的关注度也越来越高。发生突发公共卫生事件时，政府及相关部门需要采取超常规的行政权力来解决现实问题，必要时采取特殊手段对公民的人身自由进行必要的限制。人身自由在各国宪法、法律及国际人权文件中均有所规定，不仅是公民其他自由得以实现的前提，也是公民其他基本权利得以保障的基础。在我国法学界，对公民人身自由进行理论研究的成果相对较多，但是对于突发公共卫生事件中公民人身自由研究的并不多。由于缺乏相关理论知识的指导，导致在突发公共卫生事件中，十分容易发生侵犯公民人身自由的现象。在全面推进依法治国的当今社会，于非常态的社会状态下严格落实依法治国尤为重要，对突发公共卫生事件中公民人身自由法律保障进行研究，就是在非常态的社会状态中对依法治国方略的具体落实，具有很强的现实意义。
　　本文旨在以2019年末发生的新冠肺炎疫情这一突发公共卫生事件为背景，在对突发公共卫生事件的含义与特征、人身自由的内涵与性质以及两者的关系进行阐释的基础上，进一步分析在突发公共卫生事件中保障公民人身自由的理论基础，得出在突发公共卫生事件这一特殊背景下，对公民人身自由进行法律保障的必要性。并进一步对我国现行有关突发公共卫生事件中公民人身自由保障的法律进行深入研究，从实体法和程序法两方面入手，探讨了公民人身自由不仅需要实体法的保障，也需要程序法在行政程序方面和刑事程序方面的保障。通过对我国现行法律条文的分析，发现在突发公共卫生事件中对公民人身自由法律保障的不足，包括有立法层面、执法及其监督机制、司法程序三个方面。以发现的问题为起点，对完善突发公共卫生事件中公民人身自由法律保障提出了三点建议：一是完善相关立法，如细化宪法，完善法律法规，设立适用于突发公共卫生事件的应急性法律等；二是明确执法及监督机制，如规范使用“强制隔离”措施以及合法采取应急处置措施；三是建立司法保障程序，如明确规定应急行政行为的司法审查制度，建立刑事司法应急制度。通过以上四部分对突发公共卫生事件中公民人身自由的法律保障进行研究，从而弥补学界在这一研究领域的不足。