生态环境损害赔偿协议司法确认制度就是指当事人双方在磋商基础上达成生态环境损害赔偿协议,通过一定的程序确认该协议有效,以此保障协议履行的制度。这项制度属于我国改革的特色产物,发展时间时间尚短,所以会存在一定的问题。第一,生态环境损害赔偿协议的确认方式面临困境。目前我国各地赋予赔偿协议强制执行力的方式主要有三种,一是达成即有强制执行力,二是公证后生效,三是司法确认后有强制执行力。混杂的确认方式是目前的一大困境,原因在于缺少上位法对此进行明确规定。第二,以何种程序性规则对生态环境损害赔偿协议进行司法确认不明确。申请与管辖、审查标准及形式、审查期限及组织、确认前公示规则、撤回等问题并未有明文规定,是否参照生态环境损害赔偿诉讼的规定进行,是否需要设立特殊规则。第三,生态环境损害赔偿协议司法确认的救济不健全。缺乏对相关责任人的责任追究和监督机制,未明确规定第三人是否可以对协议的有关内容主张权利等。结合问题有针对性地提出三个方面的完善建议。首先要明确生态环境损害赔偿协议不同的确认方式及其效力;其次是针对生态环境损害赔偿协议司法确认设立特殊规则,如合议庭成员中应当有一名专业人员。最后是完善相关的救济途经,例如对于虚假协议的人员应当进行追责,允许第三人撤销之诉,加强赔偿协议司法确认与其他诉讼程序的衔接,避免司法资源的浪费。