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长江江豚(Neophocaena phocaenoides asiaeorientalis)是江豚(Neophocaena phocaenoides)的长江亚种,国家二级保护动物,并被IUCN红皮书列为“濒危种”,主要分布于长江干流、洞庭湖、鄱阳湖及其支流。长江江豚(以下简称江豚)的人工饲养已基本成功,但同时也存在很多问题。江豚呼吸系统疾病是人工饲养条件下一直面对的最主要的问题之一,没有对饲养过程中出现的病例进行分析、总结,使得我们对江豚呼吸系统疾病的病原知之甚少,在疾病的治疗方面则过多的依赖于经验和广谱抗生素的使用。本研究通过对自然条件下和人工条件下江豚鼻道的常在菌群进行初步研究,希望对江豚的呼吸系统疾病的监测、预防和治疗有一定的指导意义。本研究采用两种采样方法,对自然条件下的8头江豚和人工饲养条件下的3头江豚鼻道拭子和呼气样本进行细菌学鉴定,结合形态学和革兰氏染色显微观察,采用3对细菌通用引物扩增所分离到细菌样本的部分16S rDNA序列并测序,运用Genbank中的BLAST程序对所测序列与Genbank中的序列进行对比,定义相似度在99~100%的两序列所对应的菌种为同一菌种。主要结果有以下几点:1、通过对比鼻拭子采样和呼气采样,发现两种方法在所获得细菌种数上无显著性差异(P>0.05),考虑到采样对动物的影响以及安全性,认为呼气采样方法更适合呼吸道中病原菌的监测,并建议将呼气采样作为江豚日常体检的项目之一。2、通过对比3对细菌16S rDNA基因扩增的通用引物对江豚鼻道中细菌种的鉴定发现,引物RW01和DG74所扩增的16S rDNA基因的片段长度是370bp,可应用于江豚鼻道细菌种的鉴定。