2018年我国正式确立了认罪认罚从宽制度,2019年10月,“两高三部”联合发布《关于适用认罪认罚从宽制度的指导意见》（以下简称《指导意见》）,对该项制度所涉及的相关问题作出了进一步的细化。“认罪”是指犯罪嫌疑人如实供述自己的犯罪事实,“认罚”是指犯罪嫌疑人自愿接受惩罚,“从宽”既包括实体上的从轻减轻或者免除处罚,也包括刑事诉讼程序的简化。在制度运行的过程中,检察机关承担着主导作用,该项制度在检察环节的适用将会直接影响案件后续诉讼程序的进程。然而,检察机关虽然主导着程序的运行,但是并不与以审判为中心相背离。检察机关所做出的一系列审查起诉活动的目的都是为了使案件的办理程序、证据材料等经得起后续法庭审判活动的严格考验,使审判活动顺利进行。但是,因为该项制度的适用还处于初步探索时期,相关规定尚未细化,加之办案人员的工作压力增加,办案经验有限,在实践中也存在许多障碍。首先,在实践中,由于酌定不起诉的相关立法尚未完善,导致检察机关不起诉权在认罪认罚从宽案件中并没有得到充分适用,案件的审前分流作用尚不明显。其次,还有的司法机关因片面强调该项制度的运用而忽视了对犯罪嫌疑人权利的保护。并且,由于被害人权利的保护与该项制度之间存在价值冲突,导致对被害人的权利保护不够重视。再次,由于值班律师配套机制尚未健全,导致该项制度所发挥的作用十分有限。最后,由于检察机关工作人员的办案经验有限,工作量逐渐增加等因素,导致司法效率的提升并不太明显。因此,今后在对该项制度进行优化时,首先要完善制度本身的设计,适当的简化不起诉决定的作出程序,提高酌定不起诉案件的适用比例。其次是要通过严格权利告知程序、探索证据开示制度来加强对犯罪嫌疑人权利的保障,并足够重视对被害人的权利保护。最后是要建立健全值班律师配套机制,以及优化检察人员的人才资源设置,以推进该项制度价值的发挥。