目的：淮河是中国中部地区许多城市的主要水源，其水质状况与该流域居民的生产生活息息相关。本研究旨在了解淮河干流水体微生物污染状况以及多项微生物指标的时空分布规律，为淮河干流污染防治提供指导，为我国地表水环境质量标准的修订提供基准数据。方法：分别于2010年8月（丰水期）和12月（枯水期）采集淮河沿线五个城市岸边和江心水样，对水样中5种指示菌（总大肠菌群、细菌总数、粪大肠菌群、大肠埃希氏菌和肠球菌）和4种致病菌（大肠杆菌O157、沙门氏菌、弧菌和志贺氏菌）指标进行检测。结果：1．丰水期和枯水期水样总大肠菌群检出范围分别为1.5×10~3～2.8×10~4CFU/100mL和0.5×103～1.95×10~4CFU/100mL，细菌总数检出范围分别为3.3×10~4～4.85×10~5CFU/100mL和1.3×10~4～3.55×10~5CFU/100mL；与枯水期比较，丰水期水样中总大肠菌群和细菌总数均显著增高（P<0.05）；无论是丰水期还是枯水期，总大肠菌群和细菌总数的最大值均出现在淮河蚌埠段；总大肠菌群数和细菌总数呈正相关（P<0.01），总大肠菌群数和细菌总数均与水温呈正相关（P<0.05）。2．丰水期水样粪大肠菌群的检出范围为3.5×10~2～4.0×10~3CFU/100mL，最大值出现在淮南段。枯水期数据未能采集。3．丰水期和枯水期水样均检出有大肠埃希氏菌和肠球菌，不同水文期大肠埃希氏菌检出率无显著性差异，丰水期肠球菌检出率显著高于枯水期（P<0.01）。4．对所检测的4种致病菌，仅在丰水期淮南段岸边采样点的水样中检出有霍乱弧菌。结论：淮河淮南段和蚌埠段微生物污染较其他断面严重，需重点防治。淮河干流水体微生物指标呈现一定的时空分布规律。