当今世界,科学技术成为生产力发展最重要的源泉之一,各个国家都越来越意识到,科技发展是最重要的经济发展的动力。科技研究和开发的部分通用性造成的市场失灵也给了政府一个很好的理由去强力干预这个领域。而在一些中央集权形式的国家和发展中国家,追赶领先行业的欲望可以直接去付诸实施,于是政府对于研发活动的支持干预渐渐变成了世界主流。在这样的潮流下,按照现代福利经济学指导下的成本收益方法来计算政府科技投入的效率成为各国政府需要回答民众的重要问题。本文试图利用十几年的科技发展的数据,分析我国政府科技投入的效率问题,总结取得的重大成果,找出需要改进的不足,提出合理可行的建议。本文主要研究工作如下：论文的第一部分从福利经济学的视角综述了政府支持科技开发的相关理论,为我国政府支持科技开发的程度提出理论根据；整理了对于科技投入绩效评价和效率理论的国内外文献,找出度量政府财政科技投入的合适方法；介绍了包括效率定义、生产边界、知识生产函数的发展演变和比较、距离函数以及各种效率度量的方法,特别是比较了非参数方法中的DEA和参数方法中的SFA方法。论文的第二部分是关于效率度量的实证研究,利用中国1997至2008年29个省、直辖市和自治区的面板数据,利用协整模型,指出知识生产函数中使用专利作为单一产出变量的合理性。利用变截距固定效应模型,分析了我国人力资源投入、政府科技资金投入和企业(其他)科技资金投入对于知识产出的弹性系数和滞后期数。在这个基础上,用这些滞后期数的变量,使用非参数效率测算DEA方法中的冗余变量和参数效率测算SFA方法中的政府投入变量的系数,来说明各省级单位政府科技投入效率的相对比较情况。实证结果表明,使用同样的数据样本,在DEA和SFA中的各省效率排名具有一致性,财政科技投入的效率的相对排名也具有一致性。在SFA分析中发现,政府财政投入增长率(滞后一期)对于效率增长率的贡献系数是0.28,人力资源增长率对于效率增长率的贡献系数是0.96,说明了两个投入变量的正面影响。另外,我国总的科技投入的效率和财政科技投入的效率都是逐年增加的。实证部分也做了东、中、西部和省际的总体科技投入效率比较和财政科技投入的效率比较。实证分析中还引入了其他可能影响投入产出效率的变量,比如：反映地方能动性的分权指标、考查整个经济发展水平的指标和FDI及技术市场成交额等。实证结果表明,分权指标(当期)弹性系数0.66,地方政府在科技产出中有着良好的正面作用。在东、中、西部比较中,发现中部地区的地方政府更加重视对于投入产出的目标指向。在控制变量的实证分析中发现GDP如果作为反映总体经济环境和生活环境的大致指标,具有滞后二期的明显正向作用,而FDI投资的外溢效应为负。另外技术交易活跃度指标没有给科技产出带来统计显著的影响,说明我国科技市场不发达。论文的第三部分是我国科技财政存在的问题、国际比较、经验借鉴、提高我国科技财政投入产出效率的建议。文中介绍了美国、日本和韩国的经验,前者是领先的全球样本,后两者是和我们相似的政府主导的投入模式,对于这三个国家的详细分析以及其他发达国家和典型创新性国家比较后的共同点的发掘,整理出了供我国财政科技投入借鉴的思路。文中通过国际比较和内部理想值距离的比较,阐明了我国财政科技投入的问题,当前中国财政科技投入主要存在以下问题,第一,财政科技投入强度不够,基础研究开发投入强度更加低。第二,投入对于重点产业的支持还有待进一步明晰。第三,对于政府投入用于吸引人才、培育更多高质量科技人员的工作做的不够。第四,税收优惠单一。第五,直接投入渠道单一。第六,政府资金在科技成果转化方面投入不多,成果不显著。另外,在投入选择机制和资金运用监管机制上等方面也存在不足。关于提高我国科技财政投入产出效率的建议包括以下几个方面：稳定地不断提高科技资金在GDP的比重；政府投入数量的提高伴随基础研发投向加强和利于产业聚集的方向；财政资金进一步加强对于人才的培养和引进；集中抓好能够进一步扩展带动上下游的优势产业的创新。对于地区平衡的投入模式的进一步检讨和地方政府在应用技术领域适当提高自主权利的做法也是可以参考的。综上所述,本文通过对中国科技投入各要素和产出效率的计量实证分析、相关财政投入效率的其他计量分析,得出一系列基于实证研究的分析结论,为我国财政科技投入战略及有关政策的制定及实施提供了实证依据和决策参考；同时在国际比较和经验借鉴的基础上,针对我国财政科技投入存在的问题提出了具有建设性及可操作性的建议。