在经济全球化的背景下，我国资源分布不均的现状制约着经济增长。为解决这一难题，区域一体化发展日益受到人们的重视。实现区域一体化需要跨区内政府打破区域限制，合理调配资源,继而提升整体经济水平。区域一体化在带来经济利益的同时也产生了许多公共问题，这些问题的解决仅靠一个地区的努力是远远不够的，需要跨区域政府通力合作。因此无论是对跨区域经济发展还是对跨区域公共问题进行治理，都要求跨区域政府在完善合作机制的基础上开展高效合作，这一过程的要点就在于：保证政府的合作行为始终在制度化、法制化的环境中运行，在建立良好的沟通协商机制基础上，进行合理的组织安排，利用组织与政策制度调节既得利益，并实施有效地激励、开展广泛的监督。长吉一体化是建设长吉图开发开放先导区的关键所在，对东北老工业基地的振兴具有不可忽视的作用。加强长吉地区政府合作、完善长吉地区政府合作机制，对加快长吉一体化进程、实现长吉地区经济繁荣意义重大。本文以长吉一体化为背景，对长吉区域一体化中政府合作机制的现状和存在的问题进行了分析。在政府合作相关概念和理论的指导下，借鉴国内先进经验，如长三角一体化、泛珠三角区域一体化以及沈抚同城化中政府合作机制的实践经验，结合长吉地区的实际情况，对长吉一体化中政府合作机制的建立与完善提出了相应的建议：重构沟通协商机制，要广开言路，加强政府之间的沟通；健全利益协调机制，完善各领域的合作协议，取长补短，对各地区的利益进行合理分配和补偿，使之保持平衡；完善组织协调机制，设立跨区域组织协调机构，并赋予相应的权力，在多中心治理理念的指导下，吸纳非政府部门的参与，在伙伴式的合作环境中实现共赢；强化监督激励机制，建立科学的监督管理制度和绩效考核制度，利用新媒体进行宣传并接受其监督。