经济科技全球化进程的加快促使世界各国的经济技术竞争日趋激烈,一个国家创新能力的强弱与创新效率的高低已经日益成为一国国际竞争力决定性因素。科学构建区域创新体系创新绩效的评价指标并运用科学的方法对区域创新体系的创新绩效进行客观评价,有助于发现区域创新体系中存在的深层次问题,以供政府制定科学合理的政策。本文在创新系统理论与投入产出理论的基础上,重新界定了区域创新体系、区域创新体系创新绩效以及区域创新体系创新绩效评价的内涵并详细阐述了区域创新体系创新绩效的内容以及对其评价的意义。同时,本文在评价指标选择原则的指导下,结合现实情况构建了区域创新体系创新绩效的评价指标体系,并运用二阶段DEA方法对我国30个地区(西藏除外)2004-2008年的区域创新体系的创新绩效进行了实证分析。研究发现,辽宁省区域创新体系的技术效率与经济效率水平不高。究其原因主要表现在其创新资源利用效率不高,创新环境有待改善,产学研缺乏统筹协调以及高校与科研机构科技成果转化困难。针对上述原因,本文提出如下政策建议:一是深化科技体制改革,提高科技资源的使用效率;二是搭建科技成果转化平台,促进辽宁科技成果产业化;三是积极转变思路,推动高校和科研机构的科技成果转化。