湖泊生态系统中水、沉积物和生物圈三者有着密切的相互关系。水体污染直接影响生物圈的组成和活动，水体中的污染物和生物残体通过吸附、沉降和扩散等作用进入湖底沉积物；沉积物中污染物在外力作用下能重新进入水体，造成二次污染。太湖是个大型浅水湖泊，对太湖水环境质量和污染现状作全面确切的评估，需要同时从这三个方面入手。本文以遗传毒理学的概念系统和技术，对太湖水体中表层水、沉积物以及蓝藻水华的遗传毒性做了较为详细的探讨。 本研究首先对不同季节、不同位点太湖表层水体中有机污染物的遗传毒性进行检测，发现入湖河流河口区、近岸区位点的水样有明显的致突变性，湖心区域水样一般无致突变性，表明人类活动对于水体污染的作用；同一位点水样的遗传毒性在不同季节有很大差异，大致表现为冬春季节水样的遗传毒性强于夏秋季节的水样，肯定了水文气象条件也在一定程度上影响污染的存在和扩散。对受污染位点的沉积物进行遗传毒性检测，发现水体重污染位点沉积物也表现明显的致突变性，但与水样致突变性在空间上又不完全对应。随后，对太湖水华暴发期蓝藻样品的遗传毒性进行了分析。蓝藻水华季节性暴发与湖泊富营养化程度直接有关，其危害已引起高度关注。某些种类蓝藻藻毒素已经鉴定，主要表现为肝毒性和神经毒性，本研究中太湖水域蓝藻抽提物证明没有遗传毒性。但蓝藻水华其它方面的潜在危害仍须予以密切关注。 上海市域为太湖流域一部分，其主要水系均源自太湖，上海市80%以上饮用水源与太湖直接有关，因此，太湖的污染程度也相当程度影响本市饮用水质量。本研究对于本市源水和自来水遗传毒性进行了比较，发现以源于太湖水系的原水加工的自来水样比来自长江主流原水的自来水样的致突变性强，自来水的致突变性要比源水的致突变性强，煮沸过程能使自来水的致突变性增强。在以上工作的基础上，为解决上海市区饮用水的致突变问题，本文提出若干可供选择的技术性措施和建议。