南京报恩寺遗址于2010年被评为“全国十大考古发现”之一,长干寺地宫是一座可以和唐代法门寺地宫相媲美的宋代佛门宝库,它所蕴藏的极端重要的文物需要海内外从事宗教、历史、考古、文物等方面的专家共同探寻。佛祖顶骨舍利的发现与出土,为南京佛教文化资源的开发利用提供了千载难逢的机遇。然而,遗址区自2008年发掘以来,改变了原来相对封闭的赋存环境,产生了各种环境地质病害,如渗水、地宫周壁坍塌等,若不采取紧急措施进行抢救性保护,地宫将面临着被毁灭的威胁,抢救地宫刻不容缓。抢救地宫遗址必须解决防渗问题和井壁坍塌的问题,同时必须防治其它各种环境地质病害。国内外未见其它遗址对文物地宫的防渗保护研究先例。本研究始终遵循文物保护利用的系统工程观念、保护和展示协调一致的观念,主要研究了遗址区水文地质条件、遗址区的三水转化、地宫周壁渗水问题和地宫遗址保护对策。通过综合勘察,指出了现有的防渗工程是不全面的。研究中采用现场水文地质试验,得出了遗址区水文地质参数。遗址区表面扰动土层属于细粒砂岩层,渗透系数较大；除扰动土层外,土层属于粉土质砂、重亚粘土和亚粘土混合层,均属于弱透水层。对遗址区水的三种存在状态及其之间的转变进行了研究,指出了遗址区地下水的渗流通道,提出了地宫积水的来源。遗址区地表水对地宫地下水水环境的影响较小,降水对地宫底部积水影响较大。在遗址区工程勘察的基础上,针对降水对地宫内积水的影响进行了深入系统的研究,确定了地宫积水的来源,分析了渗水对地宫的影响。通过整个遗址区水文地质条件详细研究,针对具体条件提出了新的防渗综合对策。这些研究成果对地宫遗址的保护、发掘和利用将具有深远的意义,其研究成果和方法对文物保护、工程勘察、土体防渗以及潮湿环境下的水环境研究具有一定参考意义。