本文运用可持续发展理论、福利经济学理论、逆向选择理论等相关学科理论,通过对传统农村合作医疗制度的回顾与反思,系统的分析了吉林省新农合制度的运行效果,得出新农合制度在缓解农民“因病致贫、因病返贫”方面起到了一定的作用,但数据分析表明农民的医药负担依然很沉重,参合农民的受益度提高并不明显,从而引起思考,新农合的筹资标准逐年提高为何农民医药经济负担并未减轻。通过阅读大量文献及交叉学科的研究方法,分析得出新农合制度运行过程中主要存在筹资增长机制不稳定、筹资成本高、补偿机制测算不合理等制度性因素;健康人群自愿参合意识淡薄、医疗机构服务行为不规范等主体性因素;人口老龄化、城乡一体化等外部性因素。针对吉林省新农合制度存在的问题,在阅读大量文献,参照国内外学者研究成果的基础上,找寻到解决这些问题的相应对策,具体有以下几点:建立与农民收入水平相适应的筹资增长机制,创新筹资收缴方式,扩宽筹资渠道;科学设置住院起付线,均衡参合农民风险化解机会;加快立法进程,规避健康人群参合的“逆向选择”;规范医疗服务行为,继续探索支付方式改革,控制医药费用增长;增加县级经办机构人员编制及办公经费,提高工作质量;增加农村老年人的医疗保障资金,缓解基金压力;统筹城乡发展,促进医疗保险城乡一体化建设。