作为两种彼此平行的国家职能,涉税行政违法与刑事司法由于其本身功能的不同,行使不同的职权,在虚开增值税专用发票案件中会出现二者对同一违法事实的认定时,行政权力过度干预刑事司法,以及在对虚开行为和数额进行认定时,行政与司法机关采用的认定标准不一。而相关法律法规的不完善导致实践中缺少有效的认定规则可以适用,对行为人的权利义务产生实质性的不良影响。基于此,实有必要构建合理有效的相关机制,使虚开增值税专用发票的违法行为人在案件的各个阶段均可以得到审慎合理的认定,同时实现国家打击和惩处涉税犯罪之目的,进而维护涉税领域正常的征管秩序。第一部分先从行政违法和刑事司法两个方面对虚开增值税专用发票的认定规则及立法现状进行梳理,后阐明了针对虚开增值税专用发票案件,在实践中行刑从不同角度认定时产生的争议点。第二部分内容一方面围绕虚开增值税专用发票案例作为出发点,引出由本案带来的相关实践问题思考,即税务处理决定书作为行政文书的一种,在法院审判实务中在定罪量刑上所产生的作用和其自身定位存在的争议。另一方面,以两则案例为出发点,结合两则案例的争议焦点提出思考,行刑对同一类型的违法事实,在认定虚开行为和行为人是否需要补缴增值税款存在差异。第三部分针对有关问题进行法理分析,论述了行政对司法的不当干预以及在行政文书在司法审判中被认定为证据的不合理性。通过虚开行为认定的差异和补缴增值税款行刑截然不同的态度,反映出行刑背后不同的理论基础和立法价值。经过第二部分和第三部分结合案例提出的问题和相关理论分析,第四部分对上述问题进行回应,针对性的提出完善途径和司法建议,完善相关法律规则、提高对行政证据的审查标准、对于税务行政执法裁量权的司法控制、完善行刑联动机制、完善司法解释的修订、加强司法人员队伍建设。