公立医院是我国医疗行业发展的基础,是民众看病、治病的主要渠道。为了提高公立医院的医疗水平与资源分配效率,财政部、卫生部相关部门积极出台了相应的政策,从多个方面加强对医疗行政单位的监督和管理,了解各个地区医疗发展的基本情况。从政府的角度来看,通过政府会计制度改革,可及时掌握公立医院医疗服务、社会责任、资源利用等各种情况,结合民众对医疗的需求,形成良性的反馈机制,对公立医院服务进行有效监督。由此可见,政府会计制度改革的推进对公立医院的财政决策以及经营发展造成了深刻的影响。本文以政府会计制度改革为核心,以公立医院为主要对象,结合公共受托责任理论、公共选择理论、委托代理理论,在探究政府会计制度改革对公立医院会计核算影响机制的基础上,对政府会计制度改革的相关政策进行梳理,明确公立医院政府会计制度改革实施过程中的“两大体系”（财务会计、预算会计）与“两大支撑”（绩效管理机制、财务信息化建设）,自制调查问卷展开影响调查,对比新旧政府会计制度,结合调查数据结果,得到结论如下:一是政府会计制度改革对公立医院产生的影响主要体现在财务管理目标、会计核算形式、会计要素及科目、财务报表体系、成本预算控制、会计平台配置、会计人才需求七个方面,深度影响公立医院财务管理、收入范围与来源、内部控制、人力资源四大层次;二是在政府会计制度改革的背景下,公立医院财务会计存在核算制度不健全、核算范围不全面、直接成本数据核算有偏差等问题,预算会计涵盖内容不全面、预算编制组织执行力度差、预算管理规划长效性不足、预算会计方法可操作性差等问题,主要由岗位培训、信息化建设、内部控制、绩效考核等方面的不足引起;三是提出了公立医院政府会计制度改革的对策建议,针对优化财务会计、预算会计核算方法、模式、规划等基础上,进一步做好基础保障,加大人才岗位培训力度,加强财务管理信息化建设,提高风险识别预警能力,健全绩效考核体系。