流域生态系统的整体性要求流域管理要从流域全局出发,打破行政区域的界限,建立全流域生态补偿机制。我国现有的流域管理体制并没有明确流域管理和区域管理的关系,导致我国的流域生态补偿主要集中在省内。而且从流域各个要素角度出发的管理也较为分散,这使得流域内各个利益主体难以通过集体行动来实现共同利益,使跨省层面流域生态补偿补偿的实施困难重重。要突破我国流域生态补偿的制度困境,就必须超越现行地方政府行政分割流域的管理方式,通过构建跨省流域生态补偿制度,加强流域上下游之间的协商与合作,促进全流域共建共享,协调发展,实现上下游利益共享,责任共担。对跨省流域生态补偿制度的研究,有利于将跨省流域生态补偿纳入法制化轨道,为跨省流域生态补偿的顺利开展提供法制保障。本文在国内外己有的相关研究成果的基础上,依据流域的尺度和补偿的范围,对跨省流域生态补偿的概念及内涵进行界定;对跨省流域生态补偿不同于跨流域调水生态补偿的特殊性与理论基础进行分析探讨。总结我国流域生态补偿的相关法律规定及政策规定,分析我国跨省流域生态补偿制度的现状,揭示出我国跨省流域生态补偿存在流域各要素分别补偿、跨省协商制度未建立、政府补偿责任不明确、公众参与制度不健全等问题,并分析了造成这些问题的原因。通过对国外跨界流域生态补偿较为典型的制度和实践经验进行分析评述,从中提炼出可供我国跨省流域生态补偿完善的方面,如实行流域一体化管理,完善跨省协商补偿制度,保障公众知情和参与的权利。本文的研究结果主要体现在文章的第五部分,针对前文的背景原因分析,对完善跨省流域生态补偿制度提出四个方面的建议,一是完善一体化补偿机制。通过明确流域管理和区域管理的关系,赋予流域管理机构更多的职能,使其能够突破行政区域限制,统筹流域内水、土、气、森林、草原、矿产资源等各个环境资源要素,对全流域进行综合、统一的管理。同时在流域管理机构中设置流域生态补偿管理机构,负责管理和协调全流域各种环境要素的补偿。二是建立跨省协商补偿机制。通过设置组织机构、界定协商主体并明确协商流程,为跨省协商补偿搭建法制平台。三是明确政府补偿责任,同时划清中央政府和地方政府各自的责任范围。四是健全公众参与制度,通过提高补偿信息的透明度,加强生态补偿的宣传力度并理顺和拓宽公众参与的渠道,汇集广大群众的智慧和力量来共同推动跨省流域生态补偿的顺利开展。