随着全球国际贸易与科技的进步发展，作为国家经济的重要基础设施和对外贸易的重要枢纽，港口已经从一般基础产业发展到多元化功能产业，从单一港口竞争发展为以港口群体的形式向社会经济各个系统进行全方位辐射。港口群之协同发展成为各国应对日益激烈港口竞争的有效手段。然而，港口群协同发展的内在机理是什么？采用怎样的运行模式才能实现港口群之协同发展？目前国内外对该问题的研究尚处于初步阶段，还难以为实现港口群之协同发展提供足够的理论支撑。　　本文以港口群为研究对象，以港口群协同发展之机理与运行模式为主题，在综述相关研究文献和界定港口群相关概念的基础上，搭建了“机制——模式——效应”三个构面的港口群协同发展理论分析范式。在该理论范式总领下，首先，条分缕析港口群形成的驱动因素，采用静态Cournot博弈和动态演化博弈分析港口群形成主体的相互关系，揭示港口群的形成机制;进而提出“伙伴选择——合作治理——评估控制——适时调整”四阶段模型，分阶段阐述港口群协同发展的实现机制;同时，指出贯穿港口群协同发展全过程的约束机制。然后，尝试设计出港口群协同发展的总体运行模式与具体运行模式，即基础设施协同运行模式、腹地产业协同运行模式、生态环境协同运行模式。在港口群协同发展机制与运行模式分析基础上，构建了港口群协同发展效应评估指标体系和测度模型，并就港口群协同发展之组织创新和制度创新进行探讨。最后，以台湾港口群为例，对港口群之协同发展机制、运行模式和协同效应进行实证分析，指出实现两岸港口群协同发展是台湾港口群突破其腹地狭小的制约而实现协同发展的关键。　　通过上述研究，本文明晰了港口群协同发展的机理，尝试设计出港口群协同发展之运行模式，并构建了港口群协同发展效应评估指标体系和测度模型。突破以往局限于单一港口的研究，弥补了目前港口群协同发展理论分析的不足。