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柑橘属芸香科(Rutaceae),是我国南方重要的果树。其中的枳属(Poncirus)、金柑属(Fortunella)、柑橘属(Citrus)具有重大经济价值,真正供栽培或砧木利用。中国南方自然气候条件优越,蕴藏着丰富的柑橘种质资源,是世界柑橘主要商品生产区之一。福建地处东南沿海,属亚热带海洋性季风气候区,是中国柑橘传统主产区之一。1958～1959年,经调查福建省柑橘品种资源有3属13个种,约有400多个品种品系,近50年来又引进大量柑橘品种,进一步丰富了福建的柑橘种类。然而,由于柑橘本身的特性,其类型繁多、形态复杂。因此,福建柑橘种质的遗传背景仍较为模糊,严重阻碍柑橘育种进程。简单序列重复区间扩增多态性(Inter-Simple Sequence Repeats, ISSR)综合其他分子标记技术的各种优点,十分适用于分析柑橘种质资源遗传背景。本研究采用ISSR对75份福建各地分布和引进的柑橘种质进行分析,为柑橘遗传进化、分类、分子育种及种质资源的开发和利用提供科学依据。主要研究结果如下:1.针对柑橘种质富含酚类化合物和多糖等物质所导致的总DNA提取和纯化困难的问题,我们采用改良CTAB-mini法提取柑橘种质总DNA。结果表明,所提取的总DNA在数量上和纯度上均可满足柑橘ISSR分析要求。2.研究建立了柑橘ISSR-PCR反应的技术体系。在ISSR-PCR扩增反应体系:20μL反应体系中采用20 ng模板DNA、0.35 mmol·L-1 dNTPs、0.15μmol·L-1 Primer、1 U Taq酶和3μL 10×Buffer(含Mg2+)为柑橘ISSR-PCR最优反应体系。按照此体系,在94℃预变性5 min;94℃变性30 s;52℃退火1 min;72℃延伸1.5 min;循环40次;72℃延伸7 min。经过优化体系扩增出的条带清晰,效果良好,能够满足ISSR分析。3.从95个ISSR引物中筛选出14个引物逐一对75份柑橘种质进行了ISSR分析,共扩增出219条谱带,其中多态性谱带为206条,多态性比率为94.06%,75份柑橘种质的相似系数在0.443～1.000之间。4. ISSR分析结果揭示了福建各地分布和引进的75份柑橘种质资源的遗传多样性、遗传相似性与亲缘关系。讨论了福建柑橘若干特殊种质的起源进化,为以后更有目的、有选择的引种、育种、缩短育种年限,提高育种效率奠定了一定的理论基础。