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猪MHC-Ⅱ类基因在猪机体产生免疫应答及调控方面起着非常重要的作用，在畜牧生产和家畜育种中，对猪MHC-Ⅱ类基因进行研究将有可能推动家畜抗病育种工作的进展。 本文将以SLA-Ⅱ类基因中的DQ及DR基因为对象，深入地研究其基因结构和功能以及在不同时期其基因表达量的变化，目的是为了能将此类研究应用于实际的抗病育种工作，我们还同时探索了对DQ和DR基因的分子生物学分型技术，为进一步研究SLA-Ⅱ类基因与抗病力的关系提供了一种方法。 一、SLA-Ⅱ类DQA、DQB、DRA及DRB基因的结构和功能研究与分析 提取五指山猪和二花脸猪淋巴细胞总RNA，采用RT-PCR方法扩增SLA-Ⅱ类DQA、DQB、DRA及DRB基因，对扩增产物进行克隆测序，共获得8个cDNA全序列，其中DQA基因的cDNA长768bp，DQB基因的为786 bp，DRA基因的为759 bp，DRB基因的为801bp。 利用四种基因的cDNA序列到GenBank中进行Blast，钓出四种基因所在的猪基因组克隆(clone XX-591C4，全长165790bp)序列(登录号：BX088590)。登录http://pbil.univ-lyonl.fr／网站，采用其提供的Sim4序列分析程序将二花脸猪SLA—DQA、DQB、DRA及DRB基因的cDNA与所得基因组克隆进行比较分析，获得SLA-DQA、DQB、DRA及DRB基因的完整基因组全序列，其中DQA、DQB、DRA及DRB基因全序列长分别为5122 bp、8010 bp、4159 bp及12237 bp。 将获得的DQ及DR基因的cDNA序列及基因组序列向美国GenBank进行了提交并获得认可和登录，登录号分别为：AY243100，AY243101，AY243102，AY243103，AY243104，AY243105，AY243106，AY243107以及AY303988，AY303989，AY303990和AY303991。 分析4种基因cDNA序列及对应肽链，发现在4种基因中DRA基因最为保守，DRB基因多态性最高，DQA及DQB基因则介于前两者之间，且非常接近。 以GenBank中公布的Miniature Swine的Haplotype C及D型猪的各四个基因cDNA序列为对照，采用Primer Premier 5.0及GeneDoc软件比较分析二花脸猪和五指山猪的共8个cDNA序列，发现：谈永松SLA一DQ和DR基因的结构、功能、表达及分子生物学分型的研究 1.在DQA的cDNA序列所编码的氨基酸肤链中，第1~23位共23个氨基酸残基为信号肤，第24一110位共87个氨基酸残基为Ql功能区，第111一204位共94个氨基酸残基为QZ功能区，第205一255位共51个氨基酸残基为穿膜及胞浆功能区。四种基因的同源性为95一98%，而氨基酸水平的同源性则为92一%%。 2.在DQB的cDNA序列所编码的氨基酸肤链中，第1一32位共32个氨基酸残基为信号肤，第33一126位共94个氨基酸残基为pl功能区，第127~220位共94个氨基酸残基为pZ功能区，第221~261位共41个氨基酸残基为穿膜及胞浆功能区。四种基因的同源性为95一97%，而氨基酸水平的同源性则为93一95%。 3.在DRA的cDNA序列所编码的氨基酸肤链中，第1~23位共23个氨基酸残基为信号肤，第24~107位共84个氨基酸残基为Ql功能区，第108~201位共94个氨基酸残基为QZ功能区，第202~252位共51个氨基酸残基为穿膜及胞浆功能区。四种基因的同源性为99%，而氨基酸水平的同源性则为98一99%。 4.在DRB的cDNA序列所编码的氨基酸肤链中，第l~29位共29个氨基酸残基为信号肤，第30~123位共94个氨基酸残基为pl功能区，第124一217位共94个氨基酸残基为pZ功能区，第218一2“位共49个氨基酸残基为穿膜及胞浆功能区。四种基因的同源性为91一97%，而氨基酸水平的同源性则为88一95%。 分析4种基因的基因组全序列排列及其结构，发现: 1.DQA和DRA的编码基因位于一条DNA单链上，而DQB和DRB的编码基因则位于互补链上。基因编码方向A基因和B基因相反，以着丝点为起点，这四种基因在染色体上的顺序为DRA、DRB、DQA及DQB。 2.DQA基因含4个外显子，各外显子碱基起始终止位分别为:1~82，3748一3996，4445一4726，4968一5 1 22。DQB基因含5个外显子，各外显子碱基起始终止位分别为:l~ 109，1461一1730，5734~6015，6508~6618，7997~8010。 3.DRA基因含4个外显子，各外显子碱基起始终止位分别为:1~76，2734~2979，3423一3704，4005~4159。DRB基因含6个外显子，各外显子碱基起始终止位分别为:1~100，7413~7682，10043~10324，11341~11451，11932~11955，12224~12237。 分析各外显子及各功能区以及它们之间关系，发现各外显子编码氨基酸与各功能区氨基酸并不完全一一对应，A类基因4个外显子对应四个功能区，B类基因中外显子4、5或4、5及6对应穿膜及胞浆区结构域。外显子1产生的氨基酸在切除信号肤后还留下2个或4个氨基酸与外显子2产生的氨基酸共同组成。1(pl)功能区。 在信号肤区发现高度疏水的影响信号肤功能的区域，在。1和pl结构域中发现a一螺旋或卜折叠的转换的具5个氨基酸的转折区域，在。2和日2中发现类似区域，推测具有类似功能，在穿膜及胞浆区结构域，寻找到高度疏水的穿膜区。中文摘要二、不同月龄阶段SLA--DQ及OR基因的表达变化 采用185作为内标，对SLA一DQ及DR基因mRNA丰度的相对半定量Rl乙PCR条件进行优化，在最优化的条件下研究这些基因在mRNA水平上的变?