近年来,世界金融竞争加剧、金融风险剧增和金融危机爆发等问题的频繁发生,严重影响了各国的经济发展和政治、社会稳定。面对金融危机的强大冲击,我国在稳定经济的同时,更要把金融体系运转的协调性和有效性摆在突出位置,最大限度的推动金融高效运转。因此,为了合理配置金融资源,确保金融生态系统协调高效运行,保障国家经济体系的安全,对金融生态的效率问题进行深入研究具有深刻的理论及现实意义。本文结合相关理论知识,利用2008—2014年31省区的面板数据,采用Bootstrap-DEA方法比较我国不同省市及地区间的金融生态系统运行状况,并采用固定效应模型等对影响金融生态系统运行效率差异的诸多因素进行了实证分析,研究表明：传统DEA模型会高估效率值造成结果有偏,并与修正结果存在显著性差异,而基于Bootstrap-DEA模型能对效率值进行区间估计,更加稳健地估算出效率的变动情况。具体来说,研究时间段内全国金融生态系统运行效率得到了较好的改善,各时期变动较为平缓,总体波动不大,但目前我国总体效率仍不高,除了东部各别省市处于较高效率状态外,较多省区效率水平相对较低,同时,各省及地区间差距较大,效率的区域分布呈现出较为规律的东、中、西、东北部地区梯度递减的趋势,各年间各个地区的效率值也存在显著性差异；社会福利情况、政府干预程度、教育支持力度、金融就业人员规模、金融发展水平等因素很好地解释了金融生态系统运行效率的区域差异性,在不同地区各影响因素的作用效果也不尽相同。