两个水稻叶形材料的遗传分析与精细定位

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水稻(Oryza sativa L.)是世界上重要的粮食作物,培育历史悠久。叶片作为光合和呼吸作用的主要营养器官,其形态结构的建成影响着植株一系列的生长发育。筛选和鉴定新的叶形突变材料,可为研究叶发育调控机制和塑造叶片理想形态打下基础,对株型育种中提高产量和改善米质有着重要的理论意义和应用价值。利用EMS(ethyl methane sulphonate)诱变粳稻品种武运粳31号(W31)获得一份水稻窄叶突变体nal12(narrow leaf 12);测量各项表型数据,并开展组织切片和显微观察;将突变体nal12与籼稻品种台中本地1号(TN1)杂交,在F2代分离群体中选取了1709个具窄叶突变表型的单株,通过已有的SSR、STS和新开发的分子标记进行精细定位。nal12在幼苗期就表现出了窄叶性状,在成熟期植株较野生型矮小,分蘖增多,茎秆变细,叶片直立;经组织切片观察分析,nal12叶片变窄是由于大脉和小脉数量减少造成的;遗传分析表明该窄叶表型受单一隐性核基因调控;该基因最终被定位在第10染色体上LC2-RF37与LC4R-RF39标记之间约64.7 kb的范围,该区间内共有10个开放阅读框,其中并无已报道的窄叶相关基因;qRT-PCR实验结果表明,NAL12基因的突变会影响生长素合成与运输相关基因的表达。外源油菜素内酯(BR)处理后,野生型与nal12叶夹角均有所增加,但nal12角度增长超过野生型。NAL12为一个新的叶形调控基因且具备一因多效性。本研究为进一步克隆该基因,丰富其分子调控网络打下了基础。利用热带粳稻Jamaica与籼稻TN1杂交,通过单粒传法自交8代构建一套由149个株系组成的重组自交系(Recombinant inbred lines,RILs);考察倒一叶至倒三叶叶宽和叶长的表型值;采用特定基因座扩增片段测序技术SLAF-seq(Specific-locus amplified fragment sequencing),大规模开发SNP标记并进行基因型分析,构建一张高密度水稻遗传连锁图谱;结合QGene软件进一步对叶形性状QTL定位。亲本及RILs群体叶宽及叶长测定值表现出较大差异,且呈连续变异正态分布,符合QTL定位的要求;构建了一张包含8,361个标记,均匀分布于12条染色体,总图距为1661.34cM,标记间平均距离为0.20cM的高密度遗传连锁图谱;共检测到32个QTL,其中主效QTL位点qLW4位于第4染色体,与NAL1基因位置重合;测序发现Jamaica在NAL1基因上发生了双拷贝变异,导致表达量提高。以SLAF-seq技术构建的高密度遗传连锁图谱可为多种重要农艺性状的QTL定位提供强有力支持。该研究为探索水稻叶发育的调控机制以及叶型分子育种提供了一个新等位型。
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