绒山羊是经过若干世纪的自然选择与人工选育，逐步分化出的、分布于特定生态环境中的山羊品种，具有多种用途及极高的经济价值，是重要的家畜资源，其所产羊绒稀有而珍贵。但目前，由于绒山羊生存环境逐步恶化，其生长发育受到生态条件制约，良种化程度较低、优质种羊匮乏，而且羊绒品质下降。因此，加强绒山羊优良基因的保护、提高繁殖力、增加羊绒产量、提高羊绒品质成为迫切的任务。雄性绒山羊在繁殖中具有重要的作用，不仅具有繁殖能力，而且产绒量也较高。所以，大力培育良种种公羊势在必行。而种公羊的培育和繁殖主要取决于Y染色体上分布的许多与繁殖性状相关基因的作用机制。由于至今还没有完成山羊Y染色体测序工作，因此，繁殖相关基因的作用机制无法清楚地了解。为此，本研究通过PCR技术对绒山羊基因组BAC文库进行了Y染色体序列的筛选、FISH鉴定和测序组装及序列分析，主要结果如下：1.本研究通过PCR技术从绒山羊基因组BAC文库中筛选出10个BAC，经克隆测序和BAC末端测序比对初步确定为绒山羊Y染色体BAC。2.利用FISH技术对614B22、516O16、405D22及570A194个BAC进行了Y染色体的进一步鉴定，从而确定其为Y染色体BAC。3.应用软件对4个BAC进行测序拼接，得到contig335个，其中614B22103个，516O16135个，405D2267个，570A1930个；scaffold314个，其中614B2298个，516O16126个，405D2262个，570A1928个。4个BAC中516O16最长，405D22最短。4.对570A19和516O16两个BAC部分序列的转录因子起始位点和结合位点进行预测，分别得到了4个和1个起始位点、多个结合位点及转录结合因子。5.预测到570A19和516O16两个BAC具有多个ORF，而且通过蛋白质编码序列比对，确定其分别为TSPY和USP9Y蛋白编码框。6.对所有编码框进行蛋白质结构域预测，570A19只预测到一个保守的跨膜螺旋区域；516O16预测到一个保守的跨膜螺旋区域和一个高度保守的结构域-UCH，表明TSPY和USP9Y基因在物种间的保守性较低。7. TSPY和USP9Y蛋白质的三级结构预测显示，两种蛋白三级结构均由多个α螺旋和β-折叠组成。8. USP9Y基因的进化树表明，绒山羊、牛、人、恒河猴、狐猴等9个物种间的亲缘关系同其在分类学中的位置基本一致，其中绒山羊与牛的亲缘关系最近，聚为一类。此研究为后续深入研究绒山羊Y染色体基因功能、时空调控及基因间的相互关系，进一步促进绒山羊遗传资源的保护利用、实施性别控制、缩短公羊选育时间和提高其生产效率提供理论依据。