战略性新兴产业正逐步成为推动我国产业结构转型的主导力量，而自主创新是战略性新兴产业发展的推动器，激励战略性新兴产业自主创新成为一项重要政策。适当的财税激励工具能够在一定程度上弥补自主创新外部性带来的损失，同时降低创新活动风险以及创新所需成本。本文按照“理论分析-现状分析-实证检验-结论剖析-相关建议”这一思路，运用实证分析、数据包络分析等研究方法，研究不同财税激励工具对战略性新兴企业自主创新的影响效应以及在不同产业间的影响效应差异。
　　本文基于溢出效应理论进行分析发现，当企业进行创新活动时，其他企业存在“搭便车”的行为。这导致自主创新企业的私人边际收益小于社会的边际收益，抑制企业自主创新的积极性。通过现状分析发现，近几年来我国企业自主创新投入呈现迅速增长趋势，但战略性新兴产业仍然存在研发投入强度不足、自主创新能力较弱的问题。为了增强战略性新兴产业的自主创新能力，政府不断地增加科技类补助，利用税收优惠工具降低战略性新兴产业的税负，但我国的财税激励政策仍存在结构不平衡问题。
　　本文从新兴综合指数样本中，选取2012年至2017年A股上市战略性新兴企业作为研究对象。通过实证分析得出以下结论：(1)政府补助激励战略性新兴企业自主创新。(2)税收优惠以及所得税优惠都对战略性新兴产业的自主创新有积极的激励效应，但是流转税优惠抑制战略性新兴产业的创新投入以及创新产出。(3)在不同战略性新兴产业中，财税激励政策对企业自主创新的影响效应存在明显的差异。
　　本文基于实证分析结果，提出以下几点建议：(1)扩大财税激励政策的激励范围，完善财税激励政策结构。(2)提高财税激励政策实施的精准性。(3)丰富对于战略性新兴企业的财税激励方式。(4)健全财税激励政策的考核制度。