新疆高风险遗传性乳腺癌BRCA1/2基因突变、启动子甲基化检测及相关因素分析研究

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目的:(1)通过对新疆82例高风险遗传性乳腺癌BRCA1/2基因突变检测,了解新疆高风险遗传性乳腺癌BRCA1/2基因突变位点及携带情况。探讨不同遗传背景下BRCA1/2基因突变的情况;探讨BRCA1/2基因突变情况与临床病理特征之间的联系;(2)通过对BRCA基因未突变的74例高风险遗传性乳腺癌新鲜冷冻组织检测BRCA1/2基因启动子甲基化状态,了解遗传性乳腺癌BRCA1/2启动子甲基化情况;探讨BRCA1/2启动子甲基化状态与临床病理特征之间的联系。(3)了解影响新疆82例高风险遗传性乳腺癌BRCA1/2基因突变者与BRCA1/2基因未突变者生存情况的因素;了解影响74例高风险遗传性乳腺癌BRCA1/2基因启动子区甲基化与未甲基化患者生存情况的因素。方法:(1)以来自新疆地区的82例符合高风险遗传性乳腺癌标准的患者为研究对象,通过外周静脉血提取基因组DNA,对BRCA1/2基因的全部编码序列进行扩增。BRCA1/2基因突变分析由变性高效液相色谱分析(DHPLC)进行预筛,结果进行DNA测序证实。应用SPSS16.0统计软件包对数据进行统计学分析。计数资料采用卡方检验。等级资料采用秩和检验。以P<0.05为差异有统计学意义。比较BRCA1/2基因突变情况以及两组之间的临床病理特征。(2)从液氮冷藏组织中提取基因组,用亚硫酸氢钠修饰样品DNA,以修饰过的样品DNA为模板,分别用非甲基化特异性引物和甲基化特异性引物进行PCR扩增。扩增产物在2%琼脂糖凝胶电泳中观察结果。运用统计软件SPSS16.0中的卡方检验,比较BRCA1甲基化组与BRCA2甲基化组之间的甲基化检出率;用卡方检验比较两组之间的临床病理特征。(3)收集82例患者的临床病理资料(年龄、遗传背景、肿瘤大小、腋窝淋巴结转移情况、分子亚型、肿瘤细胞分级、临床分期、BRCA突变、BRCA甲基化状态、生存时间),应用COX回归模型分析影响生存时间的多种变量。结果:(1)82例高风险遗传性乳腺癌,共发现8例BRCA基因突变(8/82,9.76%),其中BRCA1突变4例,BRCA2突变4例;4例BRCA突变(2073delA移码突变、W372X无义突变、6873delCTCC移码突变、9481delA移码突变),在BIC数据库中未见报道。另外4例突变(Q759X无义突变、IVS16+1G>A拼接点突变、K467X无义突变、3036delA移码突变)在BIC数据库中可见报道。5例BRCA基因突变发生在11号外显子(5/8,62.5%),5例移码突变,3例无义突变;4例患者具有家族史。在三阴性乳腺癌BRCA基因突变检测中,发现5例BRCA基因发生致病性突变(5/30,16.7%);其中BRCA1突变率高(4/30,13.3%)。三阴性乳腺癌BRCA基因突变者与未突变者相比,突变者临床病理分期早(P=0.04),预后较好。(2)本研究全部74例BRCA基因突变检测阴性者中共发现24例BRCA1/2基因启动子甲基化,甲基化率33.78%(24/74);发现乳腺癌组织中BRCA1基因启动子CpG岛甲基化阳性者19例,甲基化率为25.67%(19/74)。发现乳腺癌组织中BRCA2基因启动子CpG岛甲基化阳性者5例,甲基化率为6.76%(5/74)。BRCA1甲基化阳性率与BRCA2甲基化阳性率之间差异有统计学意义(P=0.002);BRCA1/2基因启动子甲基化组与非甲基化组的临床病理特征在年龄、民族、肿瘤大小、腋窝淋巴结转移情况、临床分期、肿瘤组织分级和分子分型方面的差异无统计学意义(P>0.05),在分子分型方面差异有统计学意义(P=0.003),三阴性乳腺癌BRCA基因启动子甲基化阳性率高40%(10/25)。(3)对82例遗传性乳腺癌生存率有影响的因素是临床分期和肿瘤分子分型,两者都是危险因素。调整临床分期后,分子分型为Her-2过表达型的遗传性乳腺癌术后死亡风险将增大到13.195倍,增加12.195倍;调整分子分型后,临床分期每增加Ⅰ期,遗传性乳腺癌术后死亡风险将增大到25.924倍,增加24.924倍。BRCA基因突变组患者与BRCA基因未突变组相比生存率降低,生存时间缩短。对BRCA基因未突变的74例遗传性乳腺癌生存率有影响的因素是临床分期和肿瘤分子分型。调整临床分期后,分子分型为Her-2过表达型的遗传性乳腺癌术后死亡风险将增大到14.431倍,增加13.431倍;调整分子分型后,临床分期每增加Ⅰ期,遗传性乳腺癌术后死亡风险将增大到24.824倍,增加23.824倍。BRCA1基因启动子甲基化患者生存率高于BRCA1基因启动子未甲基化患者;BRCA2基因启动子甲基化患者生存率低于BRCA2基因启动子未甲基化患者;BRCA1/2基因启动子甲基化患者生存率40个月之前高于BRCA1/2基因启动子未甲基化患者,但是在40个月之后生存率低于BRCA1/2基因启动子未甲基化患者。结论(1)在新疆多民族地区BRCA基因突变位点可能与国内其他地区不同;高风险三阴性乳腺癌BRCA1基因突变率高,对于高风险三阴性乳腺癌患者应进行BRCA基因检测;高风险三阴性乳腺癌BRCA基因突变者与未突变者相比,可能在临床病理特征及预后方面存在差异,应考虑个体化治疗。(2)在新疆高风险遗传性乳腺癌中BRCA1基因启动子甲基化率高;在乳腺癌四种分子分型中三阴性乳腺癌的BRCA基因启动子甲基化率高。(3)遗传性乳腺癌中分子分型为Her-2过表达型的患者预后差;遗传性乳腺癌中临床分期晚的患者预后差;早期诊断遗传性乳腺癌可以延长手术后生存期;BRCA1启动子甲基化和BRCA2启动子甲基化对遗传性乳腺癌生存率的影响不同。
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